耕地违法犯罪问题并非必须由自然资源局处理，具体处理部门需根据违法犯罪行为的性质和严重程度来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、自然资源局的职责范围
自然资源局（原国土资源局）主要负责土地、矿产等自然资源的规划、管理、保护和合理利用。在耕地保护方面，自然资源局有权对非法占用耕地、破坏耕地等行为进行查处，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款等行政处罚措施。然而，当耕地违法犯罪行为达到刑事犯罪的程度时，自然资源局的行政处罚权便不再适用，此时需要由司法机关介入处理。
二、耕地违法犯罪行为的处理部门
行政处罚阶段：
- 对于一般的耕地违法行为，如未经批准非法占用耕地、擅自改变耕地用途等，自然资源局有权进行查处，并依法给予行政处罚。
刑事犯罪阶段：
- 当耕地违法行为构成犯罪时，如非法占用农用地罪、破坏耕地罪等，则需要由公安机关立案侦查，并移送检察机关审查起诉，最终由法院进行审判。
- 在这一过程中，自然资源局可能会作为行政机关提供相关证据和协助调查，但主要的处理权在司法机关。
三、具体案例分析
- 案例一：某村民未经批准，擅自占用耕地建房。此行为属于非法占用耕地，自然资源局有权进行查处，并责令其限期拆除房屋、恢复耕地原状，并可能处以罚款。
- 案例二：某企业为了扩大生产规模，非法占用大量耕地进行建设。此行为不仅违反了土地管理法规，还可能构成非法占用农用地罪。此时，自然资源局在发现后应立即制止，并将案件移送公安机关立案侦查。公安机关将依法进行侦查，并收集证据，最终由检察机关提起公诉，法院进行审判。
四、法律建议
- 对于耕地违法行为：建议当事人及时停止违法行为，并主动向自然资源局报告，争取从轻或减轻处罚。
- 对于涉嫌耕地犯罪的行为：建议当事人立即停止一切违法活动，并主动向公安机关投案自首，以争取从宽处理。同时，当事人也有权委托律师进行辩护，维护自己的合法权益。
如有任何关于耕地违法犯罪问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。