融资担保公司给本公司法定代表人的妹妹企业担保，在一般情况下，这种担保关系会被认定为关联关系。以下从不同角度为你详细分析：

关联关系的认定标准

根据相关法律法规及实务操作，关联关系通常是指公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员与其直接或者间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“法定代表人的妹妹企业”这一具体情形，但我们可以从关联关系的本质特征出发进行分析。

从亲属关系角度分析

法定代表人的妹妹，虽然不属于直系亲属（如父母、子女、配偶），但在亲属关系中仍属于较为紧密的旁系亲属。在商业实践中，这种亲属关系往往被视为可能影响公司独立决策和利益转移的因素之一。因此，当融资担保公司为其法定代表人的妹妹企业提供担保时，这种担保行为很可能被视为存在关联关系。

从担保行为的影响角度分析

融资担保公司的担保行为，本质上是一种风险承担行为。如果担保对象与担保公司存在关联关系，那么这种担保行为可能更容易受到关联方的影响，从而增加担保公司的风险。例如，关联方可能利用这种关系，迫使担保公司为其提供不合理的担保条件，或者在其无法履行债务时，要求担保公司承担过重的担保责任。这种风险的存在，也是认定关联关系时需要考虑的重要因素。

从实务操作和监管角度分析

在实务操作中，监管机构往往对关联交易和关联担保持谨慎态度。他们要求公司在进行这类交易时，必须充分披露相关信息，确保交易的公平性和透明度。如果融资担保公司为其法定代表人的妹妹企业提供担保，而未按照相关规定进行披露或审批，那么这种行为很可能受到监管机构的质疑和处罚。这也从侧面反映了这种担保行为被认定为关联关系的可能性。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况，比如法定代表人的妹妹企业完全独立于融资担保公司，且双方之间不存在任何利益输送或控制关系。在这种情况下，虽然从亲属关系上看存在关联，但从商业实质和法律角度上看，可能并不构成关联关系。然而，这种情况在实务中较为少见，且需要充分的证据来支持。

建议：融资担保公司在为其法定代表人的妹妹企业提供担保时，应谨慎评估这种担保行为是否构成关联关系，并按照相关规定进行披露和审批。如果存在任何疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师或相关监管机构，以确保合规经营并降低风险。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。