有限责任公司员工持股的决策程序，主要取决于持股计划的具体形式和公司章程的规定，但通常涉及股东会或董事会的决策，具体分析如下：
若员工持股计划涉及公司股权结构的实质性变更：
- 股东会决策：根据《公司法》的相关规定，公司股权结构的变更，如增资扩股、股权转让等，通常需要股东会作出决议。因此，如果员工持股计划是通过增资扩股或股权转让的方式实现，且这种变更需要修改公司章程或涉及公司重大利益调整，那么这一决策通常需要股东会审议并表决通过。股东会作为公司的最高权力机构，对涉及公司根本性事项的决策具有最终决定权。
- 示例：公司决定通过增资扩股的方式引入员工持股计划，增加公司注册资本，并相应调整股权结构。这一决策需要股东会审议，并经代表三分之二以上表决权的股东通过。
若员工持股计划不涉及公司股权结构的实质性变更，或仅涉及内部管理事项：
- 董事会决策：对于不涉及公司股权结构实质性变更的员工持股计划，如仅通过设立员工持股平台、股权激励计划等方式实现，且这些计划不涉及公司章程的修改或重大利益调整，那么这一决策可能由董事会作出。董事会作为公司的执行机构，负责公司的日常经营管理和决策，对于不涉及公司根本性事项的决策具有相对独立的决策权。
- 示例：公司决定设立一个员工持股平台，通过该平台向员工分配部分利润或股权收益，而不改变公司的股权结构。这一决策可能由董事会审议并决定。
公司章程的特别规定：
- 遵循公司章程：除了上述法律规定的情形外，公司章程还可能对员工持股计划的决策程序作出特别规定。如果公司章程中明确规定了员工持股计划的决策机构、决策程序等事项，那么应当遵循公司章程的规定。
- 示例：公司章程中规定，员工持股计划的决策需经董事会审议后，再提交股东会审议通过。在这种情况下，即使员工持股计划不涉及公司股权结构的实质性变更，也需要按照公司章程的规定，先由董事会审议，再提交股东会审议。
法律建议：
- 在制定员工持股计划时，公司应首先明确持股计划的具体形式和目的，以及是否涉及公司股权结构的实质性变更。
- 根据持股计划的具体情况，结合公司章程的规定，确定决策机构（股东会或董事会）和决策程序。
- 在决策过程中，应确保决策程序的合法性和合规性，避免因决策程序不当而引发的法律纠纷。
可能后果：
- 如果决策程序不当或违反公司章程的规定，可能导致决策无效或被撤销，进而影响员工持股计划的实施和公司的正常运营。
- 因此，在制定和实施员工持股计划时，公司应谨慎对待决策程序问题，确保决策的合法性和有效性。
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