没有经过备案的招标程序是否合法，需分情况讨论，关键在于项目是否属于必须招标的范围以及备案与招标程序的关系。以下是对此问题的详细分析：
必须进行招标的项目
- 法律规定：根据《中华人民共和国招标投标法》及《必须招标的工程项目规定》，大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目，以及使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目等，必须进行招标。
- 法律分析：若上述项目未进行招标，即直接签订施工合同（无论是否备案），均违反了《招标投标法》的强制性规定。备案是国家政府管理部门为了管理和监督建设工程施工合同而采取的行政管理手段，但它并不替代招标程序。未招标即意味着未履行必要的法定程序，合同可能因此被认定为无效。
- 法律后果：相关责任方可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等，并需承担因合同无效而导致的民事赔偿责任。
非必须招投标的项目
- 法律规定：对于不属于必须进行招标范围内的项目，当事人有权自主决定是否通过招标来确定施工单位。
- 法律分析：在非必须招标的项目中，未招标而直接签订的施工合同，只要其内容不违反法律法规的其他强制性规定，即为合法有效。备案虽然是国家政府管理部门的管理手段，但并不直接影响合同的法律效力。也就是说，即使未经过招标程序，只要依法办理了备案手续，合同在私法上仍然具有约束力。但需注意，若合同内容存在违法违规情形，如串通投标、弄虚作假等，则合同可能因违法而无效。
- 实际操作建议：尽管非必须招标的项目可以自主选择施工单位，但为了确保合同的合法性和有效性，以及避免后续可能出现的纠纷，建议当事人在签订施工合同前，仍应尽可能遵循公平、公正、公开的原则，通过适当的方式（如邀请招标、竞争性谈判等）选择施工单位，并及时办理备案手续。
总结与建议：
- 对于必须招标的项目，应严格按照招标程序进行，确保合同的合法性和有效性。未经招标程序而签订的合同，即使已备案，也可能因违反法律强制性规定而无效。
- 对于非必须招标的项目，当事人有权自主选择施工单位，但应确保合同内容的合法性与合规性，并及时办理备案手续，以保障合同双方的合法权益。
- 在实际操作中，无论项目是否必须招标，都应遵循法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。