公司制度更改，员工是否有权拒绝，主要取决于劳动合同的约定、制度更改的合理性以及法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
劳动合同的约定：
- 若劳动合同中明确约定了公司的规章制度，且该规章制度是劳动合同的重要组成部分，那么公司更改制度时，需要与员工协商一致，并采用书面形式进行变更。若未经员工同意擅自更改，员工有权拒绝按新制度执行，并要求公司按原合同履行。
- 若劳动合同中未明确约定具体规章制度，或者规章制度作为附件存在且未明确约定变更程序，那么公司更改制度时，虽然可能不需要与每个员工单独协商，但也需要确保更改的合理性，并尽可能提前通知员工，以便员工适应和调整。
制度更改的合理性：
- 公司更改制度时，需要评估更改的合理性。合理性判断应考虑更改对员工权益的影响、更改的必要性以及公司是否提供了合理的补偿或调整措施等因素。
- 若更改对员工权益造成重大不利影响，如工作时间大幅增加、薪资待遇显著降低等，且公司未提供合理补偿或调整措施，员工有权拒绝接受新制度，并可寻求法律途径维护自己的权益。
法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。这意味着，公司更改制度（即变更劳动合同内容）需要与员工协商一致，并采用书面形式进行确认。
- 若公司未经员工同意擅自更改制度，且该更改对员工权益造成损害，员工有权向当地劳动监察部门反映情况或投诉，也可寻求法律援助或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议与措施：
- 员工方面：应了解自己的权益和法律法规的相关规定，保持冷静并合理、合法地表达自己的诉求。若公司更改制度对自己造成不利影响，可与公司进行协商，寻求合理的解决方案。若协商无果，可向当地劳动监察部门反映情况或投诉，也可寻求法律援助或提起劳动仲裁。
- 公司方面：在更改制度时，应充分考虑员工的权益和利益，确保更改的合理性，并尽可能提前与员工进行沟通协商。若更改对员工造成不利影响，应提供合理的补偿或调整措施，以维护员工的合法权益和公司的稳定运营。
综上所述，公司制度更改时，员工是否有权拒绝需根据具体情况综合判断。员工应充分了解自己的权益和法律法规的相关规定，以便在面对此类情况时能够做出正确的决策并采取有效的措施来保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。