关于交通事故纠纷中的鉴定费是否由保险公司承担的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、鉴定费承担的基本原则
交通事故鉴定费的承担主体并非一成不变，而是需要根据事故的具体情况、保险合同的约定以及相关法律法规来综合判断。可能由保险公司承担，也可能由事故责任方或其他相关方承担。
二、法律依据与保险类型的影响
《中华人民共和国保险法》第六十四条为保险公司承担鉴定费提供了法律基础，即保险人、被保险人为查明和确定保险事故的性质、原因和保险标的的损失程度所支付的必要的、合理的费用，由保险人承担。
交强险：主要赔偿项目为死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿和财产损失赔偿。由于鉴定费并未明确列入这些赔偿项目中，因此，在一般情况下，交强险不会直接赔偿鉴定费。
商业三者险：对于商业三者险，鉴定费的赔偿情况则更为复杂。这主要取决于保险合同的具体条款。有些保险公司的商业三者险合同中明确将鉴定费列为除外责任，这种情况下，保险公司不会赔偿鉴定费。但也有部分法院认为，如果鉴定费是为了查明和确定保险事故的性质、原因和保险标的的损失程度所支付的必要的、合理的费用，那么根据《保险法》的规定，这部分费用应由保险人承担。
三、事故责任划分与鉴定费承担
责任明确的情况：如果交通事故责任明确，且是对方的过错导致的事故，按照相关法律规定，鉴定费用通常应由对方承担。
责任难以确定或多方过错：在事故责任难以确定或多方都存在过错的情况下，鉴定费用的承担会更为复杂。一般会根据具体的责任划分比例来确定各方应承担的份额。
四、实际操作流程与建议
实际操作流程：在实际操作中，车主通常需要先垫付鉴定费用，并在向保险公司申请理赔时提供相关的鉴定报告和费用凭证等材料。保险公司会对这些材料进行审核，如审核通过则会将鉴定费用赔付给车主（若保险合同中有此约定）。
建议：
综上所述，交通事故纠纷中的鉴定费是否由保险公司承担，需综合考虑保险类型、保险合同的具体约定、事故责任划分以及相关法律法规。希望以上解答能为您提供清晰的指导。