结论前置：单位发通知称旷工一天扣三天工资，在大多数情况下是不合法的。这种做法可能违反了《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》中关于不得克扣劳动者工资的规定。

法律依据与分析

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：

   • 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位无权随意扣除劳动者的工资，除非有明确的法律规定或劳动合同中的约定。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条：

   • 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，且即使存在经济损失，扣除的工资也不应超过法定限额。

3. 合理性考量：

   • 从公平合理的原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益。

实际操作与建议

1. 用人单位角度：

   • 用人单位在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，且经过员工的同意或认可（如通过民主程序或工会等组织）。规章制度中不应设定过高的罚款或扣薪标准，以免违反法律法规。
   • 如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿，但赔偿金额应合理，且不得违反法律法规的规定。

2. 劳动者角度：

   • 面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
   • 若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以支持自己的主张。

可能的法律后果

• 如果用人单位违反法律法规的规定克扣劳动者工资，劳动保障行政部门将责令其限期支付劳动者的工资报酬，并可能加付赔偿金。
• 劳动者也有权依法向当地人民法院申请支付令，要求用人单位支付拖欠的工资。

综上所述，单位发通知称旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位在制定规章制度时应确保内容合法、合理，并充分尊重劳动者的权益。劳动者在遇到类似问题时，也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。