中标供应商被质疑回复的期限，主要依据《政府采购法》及其实施条例，以及《招标投标法实施条例》的相关规定来确定，一般为七个工作日（政府采购项目）或在中标候选人公示期间（招投标活动），具体需根据实际情况和法律法规的起算时间来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、政府采购项目中的质疑期限
法律依据：
- 根据《中华人民共和国政府采购法》第五十二条，供应商认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。
起算时间：
- 对于中标或者成交结果提出质疑的，起算点为中标或者成交结果公告期限届满之日，即供应商应知其权益受损之日。这是根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第五十三条的明确规定。
二、招投标活动中的质疑（异议）期限
法律依据：
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十四条，依法必须进行招标的项目，招标人应当自收到评标报告之日起3日内公示中标候选人，公示期不得少于3日。投标人或者其他利害关系人对依法必须进行招标的项目的评标结果有异议的，应当在中标候选人公示期间提出。
特殊说明：
- 在招投标活动中，通常使用的是“异议”而非“质疑”，但实质上是对招投标活动中的不合规行为提出异议的一种形式。其期限与中标候选人公示期紧密相关，一般要求在中标候选人公示期间提出。
三、实际操作中的注意事项
及时提出质疑：
- 无论是政府采购项目还是招投标活动，供应商或投标人都应在规定的期限内及时提出质疑或异议。超过规定期限提出的，采购人或招标人可能不予受理。
书面形式提出：
- 质疑或异议应以书面形式提出，以确保其正式性和可追溯性。书面形式可以包括信函、电子邮件等，但应确保能够证明提出质疑或异议的时间和内容。
关注公告和公示信息：
- 供应商或投标人应密切关注相关公告和公示信息，特别是中标候选人的公示期和知晓权益受损的时间点。一旦发现自己的权益可能受损，应立即准备并按照法定程序提出质疑或异议。
四、法律后果
- 如果供应商或投标人未在规定期限内提出质疑或异议，或者未以书面形式提出，可能会丧失寻求救济的机会。因此，务必严格遵守相关法律法规的规定，确保在规定的期限内以正确的方式提出质疑或异议。
综上所述，中标供应商被质疑回复的期限是一个涉及多个法律法规和具体招标规定的复杂问题。为确保自身权益得到有效保护，供应商或投标人应密切关注招标活动的各个环节，特别是中标候选人的公示期和知晓权益受损的时间点，并在规定的期限内及时、准确地提出质疑或异议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。