企业通过虚假手续取得备案证明的，应当通过行政复议或行政诉讼途径申请撤销，具体流程及要点如下：

1. 行政复议途径

   • 申请主体：利害关系人（如其他企业、公民或监管部门）可向作出备案证明的行政机关的上级部门或同级政府提出复议申请。
     
   • 申请期限：自知道该备案证明之日起60日内提出（法律另有规定的除外）。
     
   • 复议内容：需提交证据证明备案手续存在虚假材料（如伪造公章、虚假合同等），并说明该备案行为损害自身合法权益。
     
   • 处理结果：复议机关若认定备案违法，将作出撤销、变更或确认违法的决定，并责令重新作出行政行为。

2. 行政诉讼途径

   • 起诉条件：若复议未解决或未申请复议，利害关系人可直接向法院起诉，需证明备案行为与自身存在法律上的利害关系。
     
   • 诉讼时效：自知道备案证明之日起6个月内提起（经复议的，自收到复议决定之日起15日内）。
     
   • 证据要求：需提供虚假手续的直接证据（如鉴定报告、证人证言等），并证明行政机关未尽审查义务。
     
   • 判决结果：法院若认定备案违法，将判决撤销或部分撤销备案证明，并可能责令行政机关重新审查。

3. 关键注意事项

   • 证据固定：及时通过公证、鉴定等方式固定虚假手续的证据，避免证据灭失。
     
   • 程序合规：复议或诉讼需严格遵守期限和程序要求，否则可能丧失救济权利。
     
   • 后续责任：企业若通过虚假手段取得备案，除被撤销外，还可能面临行政处罚（如罚款、吊销资质）或刑事责任（如伪造公文罪）。

建议行动：若您发现企业存在此类行为，可先向备案机关提出书面异议，要求其自行纠正；若未获回应，再通过复议或诉讼途径维权。具体操作中需结合证据情况和当地司法实践，如有疑问可直接向我咨询。