关于工地工人自然死亡的赔偿问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。为了给您提供清晰、详细且具有深度的解答，我将从不同情形下的赔偿标准以及申请赔偿的流程和注意事项等方面进行阐述。

一、不同情形下的赔偿标准

（一）工作时间和工作岗位突发疾病死亡或48小时内抢救无效死亡

1. 认定依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，若工人在工作时间和工作岗位上突发疾病死亡，或在48小时之内经抢救无效死亡，这种情况将被视同工伤。这里的“工作时间”和“工作岗位”都有明确的法律定义，分别指法律规定的或单位要求的工作时间，以及职工日常所在或单位指派的工作岗位。

2. 赔偿标准：

   • 丧葬补助金：为6个月的统筹地区上年度职工月平均工资。具体数额会因地区而异，例如，若某地区上年度职工月平均工资为5000元，则丧葬补助金为30000元。
   • 供养亲属抚恤金：按照职工本人工资的一定比例发放给由因工死亡职工生前提供主要生活来源且无劳动能力的亲属。具体标准为：配偶每月40%，其他亲属每人每月30%，孤寡老人或孤儿在上述基础上增加10%。但所有供养亲属的抚恤金之和不得超过因工死亡职工生前的工资。
   • 一次性工亡补助金：为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍。以最新数据为例，若上一年度全国城镇居民人均可支配收入为54188元，则一次性工亡补助金为1083760元。

（二）非工作时间和工作岗位自然死亡

1. 一般情况：

   • 若工人不是在工作时间和工作岗位上自然死亡，通常不被认定为工伤，用人单位因此不承担工伤赔偿责任。然而，出于人道主义考虑，部分用人单位可能会给予一定的慰问金或丧葬费补助，具体金额需双方协商确定。

2. 存在劳动关系且单位有过错：

   • 如果用人单位存在过错，如未为职工缴纳基本养老保险，导致职工家属无法享受相应的养老保险待遇，那么用人单位可能需承担相应的赔偿责任。根据《中华人民共和国社会保险法》规定，参加基本养老保险的个人因病或非因工死亡时，其遗属有权领取丧葬补助金和抚恤金。若单位未缴纳社保，家属可要求单位参照社保标准进行赔偿。

二、申请赔偿的流程和注意事项

1. 工亡认定：

   • 单位应在事故发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。特殊情况可经报社会保险行政部门同意后适当延长时限。
   • 若用人单位未按规定提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

2. 准备赔偿申请材料：

   • 包括工亡认定决定书、亲属关系证明、身份证证明、劳动合同、工资发放记录、事故现场照片（如适用）、证人证言（如适用）、医院诊断证明、死亡证明等。

3. 提交赔偿申请并领取赔偿金：

   • 将准备好的材料提交至当地的社保经办机构或相关部门，经审核通过后，即可领取赔偿金。

4. 注意事项：

   • 确定赔偿责任主体：如果施工单位为员工缴纳了工伤保险，部分赔偿费用（如丧葬补助金、一次性工亡补助金等）由工伤保险基金支付。如果施工单位未缴纳工伤保险，则由施工单位承担全部赔偿责任。存在分包、转包等情况时，可能涉及多个责任主体，需根据具体法律关系确定赔偿责任。
   • 积极收集证据：在处理赔偿事宜时，应积极收集与员工死亡相关的各种证据，以支持赔偿请求。
   • 咨询专业机构：赔偿标准可能会根据当地经济水平等因素在具体执行时有一定的调整和补充规定，建议咨询当地社保经办机构或专业律师以获取最准确的信息。

综上所述，工地工人自然死亡的赔偿问题涉及多个法律知识点和实际操作流程。在处理此类问题时，建议尽快咨询专业律师或相关部门以获取最准确的信息和帮助，确保自身权益得到保障。