结论：公司小维修总包给个人，将支付给个人的款项做工资处理，这种做法是否合法，需根据具体情况来判断，但通常不建议这样做，因为可能涉及税务、劳动法等多方面的问题。以下从不同角度进行分析：
一、税务角度
税务合规性：如果公司将维修费用以工资形式支付给个人，这可能涉及到个人所得税的代扣代缴问题。根据税法规定，工资薪金所得属于个人所得税的征税范围，公司作为支付方，有义务代扣代缴个人所得税。然而，如果个人并非公司的员工，而是独立的维修服务提供者，那么这种支付方式可能并不符合税务合规性要求，因为此时应按照劳务报酬所得来缴纳个人所得税，而非工资薪金所得。
税务风险：如果公司错误地将维修费用以工资形式支付给个人，并未按照劳务报酬所得代扣代缴个人所得税，那么公司可能面临税务风险，包括被税务机关处罚、补缴税款及滞纳金等。
二、劳动法角度
劳动关系认定：如果公司将维修工作总包给个人，并试图将支付给个人的款项做工资处理，这可能引发劳动关系的认定问题。根据劳动法规定，劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。如果个人并非公司的员工，而是独立的承包商或服务提供者，那么双方之间并不构成劳动关系，此时将支付款项做工资处理可能并不合适。
劳动权益保障：如果个人被错误地认定为公司的员工，并因此享受了工资待遇，那么在发生劳动争议时，个人可能主张更多的劳动权益，如社会保险、福利待遇等。这可能给公司带来不必要的法律风险和成本。
三、实际操作建议
明确合同关系：为了避免税务和劳动法方面的风险，公司应与个人签订明确的维修服务合同，明确双方的权利义务关系、服务内容、费用支付方式等。这样既可以保障公司的合法权益，也可以避免不必要的法律纠纷。
合规支付费用：公司应按照合同约定和税法规定，合规地支付维修费用。如果个人是独立的维修服务提供者，公司应按照劳务报酬所得代扣代缴个人所得税；如果个人是公司的员工，则应按照工资薪金所得代扣代缴个人所得税。
咨询专业律师：在处理此类问题时，公司可以咨询专业律师的意见，以确保自身的合规性和法律风险的最小化。
总结来说，公司小维修总包给个人，并将支付给个人的款项做工资处理，这种做法在税务和劳动法方面都可能存在风险。因此，建议公司明确合同关系、合规支付费用，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。