在合同中约定由乙方指定公证人的条款，可以按照以下方式撰写，核心要点是明确指定程序、公证人资质要求及违约责任：

1. 明确指定程序
   条款中需写明乙方指定公证人的具体流程，例如：
   “乙方应于本合同签订后[具体期限]内，向甲方提供经其书面指定的公证人名单（不少于[具体数量]家），并附公证人资质证明文件。甲方应在收到名单后[具体期限]内书面确认或提出异议，逾期未确认视为同意乙方指定。”
   此条款可避免因程序模糊引发争议，同时保障双方知情权。

2. 设定公证人资质要求
   为确保公证效力，需对公证人资质作出限制，例如：
   “乙方指定的公证人应具备以下条件：（1）在中国境内依法设立并执业的公证机构；（2）与甲乙双方无利害关系；（3）近三年内无重大违法违规记录。若乙方指定不符合条件的公证人，甲方有权要求重新指定。”
   此条款可防止乙方利用关联方损害甲方利益。

3. 约定违约责任
   若乙方未按约定指定公证人或指定无效，需明确责任承担方式，例如：
   “若乙方未在约定期限内指定公证人，或指定公证人因资质问题导致公证无效，乙方应承担由此产生的全部费用（包括但不限于重新公证费、诉讼费、律师费等），并赔偿甲方因此遭受的直接经济损失。”
   此条款可强化乙方履约义务，降低甲方风险。

示例条款：
“乙方应于本合同签订后5个工作日内，向甲方提供经其书面指定的公证人名单（不少于3家），并附公证人资质证明文件。公证人应为中国境内依法设立并执业的公证机构，且与甲乙双方无利害关系。甲方应在收到名单后3个工作日内书面确认或提出异议，逾期未确认视为同意。若乙方指定不符合条件的公证人或未按时指定，导致公证无效的，乙方应承担全部费用并赔偿甲方损失。”

注意事项：

• 若合同涉及涉外因素，需明确公证人是否需具备涉外公证资质；
  
• 建议将公证事项、公证费用承担方等细节一并约定，避免后续争议。
  

如有具体合同类型或场景需求，可进一步向我说明，我会协助完善条款设计。