在农村客运用地上建库房是否违法，需根据该土地的具体性质、用途以及是否经过合法审批来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、土地性质与用途
土地性质：
- 农村客运用地若属于交通运输用地，其规划用途是用于客运设施的建设和运营，如客运站、候车室等。
- 若该土地被规划为其他用途（如住宅用地、工业用地等），则用于建设库房可能违反土地规划。
土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地用途受到严格管制，未经批准不得擅自改变土地用途。
- 若农村客运用地被明确规划为交通运输用地，且未经过合法程序变更为其他用途，则在该土地上建设库房可能构成违法用地行为。
二、合法审批程序
审批要求：
- 即使土地性质允许建设库房，也需经过相关部门的合法审批，包括规划许可、建设许可等。
- 未经审批擅自建设库房，可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。
审批流程：
- 通常需要向当地规划部门、建设部门等提交申请，并附上相关证明材料，如土地使用权证、规划设计方案等。
- 审批过程中，相关部门会对项目的合规性、安全性等进行评估，确保符合法律法规和规划要求。
三、可能面临的法律后果
行政处罚：
- 若未经批准擅自改变土地用途或建设库房，可能面临行政处罚，如责令停止违法行为、限期拆除、罚款等。
- 处罚的力度和具体措施会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合确定。
民事责任：
- 若因违法建设库房给相邻方造成损害的，还可能承担民事赔偿责任。
- 例如，若库房建设影响了相邻土地的通风、采光等，相邻方有权要求赔偿损失。
四、建议与措施
核实土地性质与用途：
- 在建设库房前，应首先核实土地的性质和用途，确保符合规划要求。
- 可通过查询当地土地利用总体规划、城乡规划等相关文件来获取准确信息。
办理合法审批手续：
- 若土地性质允许且符合规划要求，应按照法定程序办理相关审批手续。
- 审批过程中应积极配合相关部门的调查和评估工作，确保项目合规合法。
咨询专业律师：
- 在涉及土地和建设问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。
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综上所述，农村客运用地上建库房是否违法需根据土地性质、用途以及是否经过合法审批来综合判断。在建设前应核实土地性质与用途，并办理合法审批手续以避免法律风险。若您对此有进一步疑问或需要具体法律帮助，请随时向我咨询。