关于“年薪制试用期是否要补齐”的问题，这主要涉及到试用期的合法性以及工资支付的标准。首先，我们需要明确的是，试用期的设定和延长都必须严格遵守《劳动合同法》的相关规定。

一、试用期的合法性

根据《劳动合同法》第十九条，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月，且同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。这意味着，如果用人单位与劳动者约定的试用期超过了法定标准，或者随意延长了试用期，那么这种延长是无效的。

二、工资支付标准

在试用期内，劳动者享有与正式员工同等的劳动权益，包括获得劳动报酬的权利。如果试用期被违法延长，那么劳动者在延长期间的工资应当按照转正后的工资标准来支付，而不是继续按照试用期工资标准支付。这是因为，违法延长的试用期期间，实际上劳动者已经履行了超出法定试用期的劳动义务，因此有权获得相应的劳动报酬。

三、具体案例分析

以您提供的案例为例，王某与公司签订的劳动合同期限为两年，试用期两个月。但公司在试用期满后，又书面通知王某延长一个月试用期。这一行为违反了《劳动合同法》的规定，因此延长的试用期期间是无效的。王某入职后的第三个月，应视为已通过试用期，其工资应当按照转正后的标准支付。公司如果按试用期工资标准支付了王某第三个月的工资，那么就需要补足工资差额。

四、建议

对于用人单位来说，应当严格遵守《劳动合同法》关于试用期的规定，不得随意延长试用期。同时，在试用期内解除劳动合同也应当履行相关程序，确保解除决定的合法性和合理性。对于劳动者来说，如果发现用人单位存在违法约定试用期或者违法解除劳动合同的行为，可以通过劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，年薪制试用期如果被违法延长，那么劳动者在延长期间的工资应当按照转正后的标准来支付，用人单位需要补足工资差额。