摩托车被交警扣留两年多，需根据扣留原因及程序合法性分情况处理，具体如下：

1. 若扣留程序合法且未处理违章/事故
   根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第30条，交警扣留车辆后应出具《行政强制措施凭证》，并告知当事人在30日内接受处理。若因未处理违章（如无证驾驶、未年检、未投保交强险等）或未结清事故赔偿导致车辆被扣留两年，需先履行相关义务：

   • 携带身份证、行驶证（或车辆合法来源证明）、扣留凭证等材料，前往扣留车辆的交警部门接受处罚（如罚款、扣分）；
     
   • 若涉及事故赔偿，需与对方协商或通过诉讼结清赔偿后，凭结案证明申请取车；
     
   • 车辆可能因长期扣留产生停车费（部分地区规定由财政承担，需提前确认），需结清费用后方可取车。

2. 若扣留程序违法或超期扣留
   根据《行政强制法》第25条，交警扣留车辆期限一般不超过30日，情况复杂需延长的，应经公安机关负责人批准，但最长不得超过60日。若扣留超过法定期限且未出具延期通知，可主张行政违法并要求返还车辆：

   • 向扣留车辆的交警部门提出书面异议，要求说明扣留依据及期限；
     
   • 若未获回应，可向上一级公安机关交通管理部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求撤销扣留决定并赔偿损失（如车辆贬值、停车费等）；
     
   • 若车辆因长期扣留导致损坏或灭失，可要求交警部门承担赔偿责任。

3. 若车辆已达报废标准或无法取回

   • 若车辆因扣留期间未年检、未投保等原因被强制报废（根据《机动车强制报废标准规定》），需确认报废程序是否合法。若程序违法，可主张赔偿；
     
   • 若车辆因损坏严重或丢失无法取回，可要求交警部门出具书面说明，并协商赔偿或通过法律途径解决。

建议行动步骤：

1. 携带身份证、扣留凭证等材料，前往扣留车辆的交警部门查询扣留原因及期限；
   
2. 根据查询结果，按上述分类处理（履行义务、申请复议/诉讼或主张赔偿）；
   
3. 若对处理结果不满，可进一步向我咨询具体法律程序及证据收集要点。