关于您提出的“落户签订的协议是否有效”的问题，这主要取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者之间可以约定的违约金情形是有限的。具体来说，只有在两种情况下用人单位可以与劳动者约定违约金：一是用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，双方可以约定服务期，劳动者违反服务期约定的需要支付违约金；二是用人单位与负有保密义务的劳动者在劳动合同或保密协议中约定了竞业限制条款，劳动者违反竞业限制约定的需要支付违约金。

对于您提到的落户签订的协议，如果协议中包含了违约金条款，但并非基于上述两种法定情形，那么这样的违约金条款很可能是无效的。因为落户本身并不属于用人单位为劳动者提供的专项培训或竞业限制的范畴，所以以此为由约定违约金缺乏法律依据。

然而，如果协议中的约定是基于双方真实的意思表示，并且在自愿的情况下签署的，且该约定并不违反法律法规的强制性规定，那么协议中的其他条款（非违约金条款）可能是有效的。但即便如此，如果协议中隐晦地表达了违约金的意思，且该约定不符合法定情形，那么这样的约定在法律上也是难以得到支持的。

另外，关于您提到的如果不支付违约金公司是否会不给离职证明和退工单的问题，我可以明确地告诉您，公司没有权利因员工不支付违约金而拒绝开具离职证明和退工单。根据劳动法规定，员工离职时，公司应当为其开具离职证明，并在规定时间内办理退工手续。如果公司拒绝开具离职证明或办理退工手续，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

最后，我想提醒您的是，在签署任何协议之前，都应当仔细阅读协议内容，并确保自己完全理解并同意协议中的各项条款。如果对于协议中的某些条款存在疑问或不确定的地方，建议咨询专业的法律人士或相关机构以获取更准确的解答。

综上所述，落户签订的协议是否有效主要取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。如果协议中的违约金条款不符合法定情形，那么这样的条款很可能是无效的。同时，公司也没有权利因员工不支付违约金而拒绝开具离职证明和退工单。希望这些解答能够对您有所帮助。