使用伪造拖拉机行驶证的处罚主要依据《农业机械安全监督管理条例》的相关规定。具体来说，根据该条例第五十一条，伪造、变造或者使用伪造、变造的拖拉机、联合收割机证书和牌照的，由县级以上地方人民政府农业机械化主管部门收缴伪造、变造或者使用的证书和牌照，并对违法行为人予以批评教育，同时并处200元以上2000元以下罚款。

在实际操作中，如南安市农业农村局处理的案例所示，对于使用伪造拖拉机行驶证的行为，不仅会收缴假证假牌照，还会根据具体情况对违法行为人进行罚款等行政处罚。在该案例中，刘某因使用伪造的拖拉机行驶证和牌照，被南安市农业农村局处以600元罚款，并收缴了相关伪造证件。

此外，值得注意的是，如果伪造、变造或者使用伪造、变造的拖拉机行驶证等行为涉嫌构成犯罪，如涉及买卖国家机关的公文、证件、印章等，还可能依法追究刑事责任。因此，建议广大拖拉机驾驶员务必遵守相关法律法规，使用合法有效的行驶证和牌照，确保农机安全，维护正常的农机管理秩序。