若法院工作人员在已经入职后查出有吸毒行为，将可能面临行政处罚、内部纪律处分，甚至可能涉及刑事责任，具体处理方式需根据吸毒情节、工作性质及单位规定综合判断。以下从不同角度展开分析：
行政处罚层面
根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第七十二条，吸食、注射毒品的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处二千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。若吸毒行为被公安机关查实，无论是否在工作时间，均可能面临上述行政处罚。
单位内部纪律处分层面
法院作为国家司法机关，对工作人员的纪律要求极为严格。根据《人民法院工作人员处分条例》第十条，吸食、注射毒品或参与卖淫、嫖娼、赌博等活动的，给予记大过以上处分；造成不良影响的，予以辞退或开除。因此，若吸毒行为被单位知晓，可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分，具体取决于情节严重程度及单位规定。
刑事责任层面
若吸毒行为伴随其他犯罪行为（如容留他人吸毒、贩卖毒品等），则可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百五十四条（容留他人吸毒罪）、第三百四十七条（贩卖毒品罪）等条款，面临刑事追责。此时，单位将依法配合司法机关调查，并依据生效判决作出进一步处理。
特殊岗位限制层面
若涉事人员从事涉及国家秘密、审判秘密或特殊安全要求的岗位（如法警、档案管理人员等），吸毒行为可能直接导致岗位调整或资格剥夺。根据《公务员录用体检通用标准（试行）》第十条，吸毒史者不得录用为公务员，已入职人员若被查出吸毒，可能因“不符合岗位要求”被调离或辞退。
建议：若您或身边人涉及此类情况，建议立即停止吸毒行为，主动向单位报告并配合调查，争取从轻处理。同时，可咨询专业律师评估行政处罚、纪律处分及刑事风险的应对方案。如有进一步疑问，欢迎直接向我提问。