针对您提出的“酒后驾驶摩托车撞在违章车辆上怎么处罚”的问题，我将从行政责任、刑事责任以及民事赔偿责任三个维度，结合相关法律法规，为您进行详细解答。

一、行政责任

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十一条的规定：

1. 饮酒后驾驶机动车（血液酒精含量在20mg/100ml至80mg/100ml之间）：

   • 暂扣六个月机动车驾驶证；
   • 处一千元以上二千元以下罚款；
   • 若因饮酒后驾驶机动车被处罚后再次饮酒后驾驶机动车，将处十日以下拘留，并处一千元以上二千元以下罚款，同时吊销机动车驾驶证。

2. 醉酒驾驶机动车（血液酒精含量≥80mg/100ml）：

   • 由公安机关交通管理部门约束至酒醒；
   • 吊销机动车驾驶证；
   • 依法追究刑事责任（危险驾驶罪），且五年内不得重新取得机动车驾驶证。

二、刑事责任

若酒后驾驶摩托车导致交通事故，并构成犯罪，将需承担刑事责任：

1. 危险驾驶罪：

   • 在道路上醉酒驾驶机动车的，构成危险驾驶罪；
   • 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一的规定，可判处拘役，并处罚金。

2. 交通肇事罪：

   • 若因酒驾导致重大交通事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，构成交通肇事罪；
   • 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条的规定，可处三年以下有期徒刑或者拘役；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。

三、民事赔偿责任

酒后驾车发生交通事故，造成他人人身伤害或财产损失的，酒驾者还需承担相应的民事赔偿责任，包括但不限于：

• 医疗费、护理费、误工费等实际支出费用；
• 若造成残疾，还需赔偿残疾赔偿金、康复费等；
• 若造成死亡，需赔偿丧葬费、死亡赔偿金等。

额外说明

• 违章车辆的责任：虽然您提到撞在了违章车辆上，但违章车辆的责任需根据具体情况由交警部门进行认定。如果违章车辆对事故的发生负有一定责任，那么其车主或驾驶员也可能需要承担相应的法律责任。
• 保险拒赔：商业险通常不赔付酒驾造成的损失，交强险在限额范围内垫付抢救费用后也有权向肇事者追偿。

综上所述，酒后驾驶摩托车撞在违章车辆上，将可能面临行政处罚、刑事责任以及民事赔偿责任。为了您和他人的安全，请务必遵守交通法规，切勿酒后驾车。