严重违法的公司在破产时，其处理方式需结合违法行为的性质、后果及破产程序的具体阶段来综合判断，核心原则是依法追究违法责任的同时，保障破产程序的公平、有序进行。以下从不同角度展开说明：

1. 破产程序启动前的违法行为处理

若公司在破产前存在严重违法行为（如财务造假、非法集资、环境污染等），相关行政机关或司法机关可能已介入调查或处罚。此时：

• 行政处罚：如罚款、吊销营业执照等，需在破产程序中作为“破产债权”申报，由管理人审核后按顺序清偿（但罚款等惩罚性债权通常劣后于普通债权）。
• 刑事责任：若违法行为构成犯罪，公司或直接责任人可能面临刑事处罚（如罚金、有期徒刑）。刑事罚金同样需申报为破产债权，但优先于普通债权清偿；若罚金无法全额清偿，剩余部分可能不再追缴（取决于具体罪名和司法解释）。
• 民事赔偿：因违法行为受损的第三方（如消费者、投资者）可提起民事诉讼，要求赔偿。赔偿请求需在破产程序中申报债权，按清偿顺序参与分配。

2. 破产程序启动后的违法行为处理

若公司在破产程序中（如破产清算、重整、和解期间）仍存在违法行为（如隐匿财产、虚构债务、偏袒性清偿等），管理人或债权人可向法院申请：

• 撤销权：对破产申请受理前6个月内，公司对个别债权人进行的无偿转让财产、以明显不合理价格交易等行为，管理人有权请求法院撤销，追回财产纳入破产财产。
• 否定人格：若公司与关联方人格混同（如财产、业务、人员高度混同），损害债权人利益，法院可裁定“实质合并破产”，将关联方财产纳入破产财产统一分配。
• 刑事追责：对破产程序中发现的职务侵占、挪用资金、妨害清算等犯罪行为，管理人或债权人可向公安机关报案，追究直接责任人刑事责任。

3. 违法所得与破产财产的区分

• 违法所得：若公司通过违法行为获得的财产（如非法收入、赃款赃物），需依法追缴或没收，不纳入破产财产，而是直接上缴国库或返还受害方。
• 破产财产：仅包括公司合法拥有的财产（如资产、债权、股权等），用于清偿破产费用、共益债务及各类债权。

4. 对债权人的影响

• 清偿顺序：破产财产优先清偿破产费用和共益债务后，按“职工债权→社保/税款债权→普通债权”的顺序分配。违法行为的处罚（如罚金）通常属于普通债权或劣后债权，清偿率可能较低。
• 公平受偿：若违法行为导致公司财产减少或债务增加，损害债权人利益，债权人可通过诉讼或申报债权主张赔偿，但需以破产财产为限。

5. 对责任人员的追责

• 直接责任人：公司董事、监事、高管等若因违法行为给公司或债权人造成损失，需承担民事赔偿责任（如赔偿公司损失）。
• 连带责任：若违法行为涉及关联交易或利益输送，关联方可能被要求承担连带清偿责任。

总结：严重违法的公司破产时，需通过行政、刑事、民事多重手段追究责任，同时依法清理债权债务。债权人应积极申报债权、参与破产程序，必要时通过法律途径维护权益。若您遇到具体案件，可直接向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。