物业要求房产证存档这一行为，在一般情况下是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国民法典》及相关物业管理规定，物业公司的职责主要是为业主提供物业服务，包括但不限于房屋及配套设施的维修、养护、环境卫生和相关秩序的管理等。而房产证作为业主的重要法律文件，其保管责任应由业主自行承担，物业公司并无权要求业主将房产证交由其存档。
二、物业要求存档的可能原因及合法性分析
出于管理便利：物业公司可能认为存档房产证可以方便其进行业主身份验证或管理，但这种做法缺乏法律依据，且可能侵犯业主的隐私权。业主有权自主决定其房产证的保管方式，物业公司无权干涉。
误解或误操作：物业公司可能对相关法律法规理解不够准确，误以为可以要求业主存档房产证。在这种情况下，业主应向物业公司明确指出其行为的违法性，并要求其停止此类要求。
三、业主的应对措施
拒绝存档要求：业主有权拒绝物业公司的房产证存档要求，并明确告知物业公司其行为缺乏法律依据。
向相关部门投诉：如果物业公司坚持要求存档，业主可以向当地房地产管理部门或相关监管机构投诉，寻求帮助和支持。
寻求法律援助：在必要时，业主可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
在某些特殊情况下，如业主因特殊原因需要物业公司协助保管房产证（如长期外出、身体原因等），双方可以签订书面协议，明确保管责任、期限及违约责任等条款。但这种情况应属于业主自愿行为，而非物业公司的强制要求。
总结来说，物业要求房产证存档的行为在一般情况下是不合法的。业主应明确拒绝此类要求，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果您在房产纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。