在顶层种树是否违法，主要取决于房屋产权归属、是否获得许可、是否遵守相关法律法规及小区管理规定，以及是否对他人或建筑安全造成了影响。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
个人产权且无违规：
- 如果顶层属于您的个人产权（例如，购买顶层房屋时合同明确约定顶层归您个人使用），并且您在种植过程中严格遵守了法律法规，没有损害公共利益，也没有影响相邻关系，那么种植树木是您的合法自主行为。
全体业主同意且符合规定：
- 若顶层属于全体业主共有的区域，在经过全体业主同意（如通过业主大会讨论通过），并制定了合理的顶层使用规则，明确种植树木的范围、方式等，同时确保不存在安全隐患的情况下，顶层种树也是合法的。
二、可能存在的不合法情况
未经许可占用公共区域：
- 顶层通常被视为建筑物的共有部分，归全体业主共同所有。未经全体业主或业主大会的明确同意，私自占用顶层进行种植，将构成擅自占用公共区域的违法行为，侵犯了其他业主的合法权益。
破坏建筑结构或造成安全隐患：
- 在种植树木的过程中，若对顶层原有结构进行改动，如打孔、破坏防水层等，可能导致顶层漏水、墙体开裂等安全问题。这不仅违反了相关建筑法规，还可能因造成他人财产损失而需承担法律责任。例如，根据《建设工程质量管理条例》等法规，不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构。
违反小区管理规约：
- 小区管理规约是全体业主共同制定的规则，具有约束力。如果规约中明确禁止在顶层种植树木，那么任何违反此规定的种植行为都是不被允许的。物业有权采取管理措施，如要求整改，甚至可能引发法律纠纷。
违反城市规划等其他规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若顶层种树搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
三、建议与注意事项
- 了解产权归属：在决定顶层种树前，务必确认顶层的产权归属，确保您有权进行种植。
- 遵守法律法规：严格遵守相关法律法规，不擅自改动建筑结构，不占用公共区域，不违反城市规划要求。
- 咨询专业人士：种植前咨询专业人士，评估房屋结构安全性，确保种树不会造成超重等安全问题。
- 与邻居沟通：与邻居保持良好沟通，避免种树行为对其造成不良影响，维护和谐的邻里关系。
- 申请许可：若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。
综上所述，顶层种树是否违法取决于多个因素。在进行此类活动前，建议您充分了解相关规定并咨询专业人士的意见，以确保行为的合法性。如果您有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。