信用卡逾期90天后还进去的款项，并不一定全部是本金，还可能包括逾期利息、违约金等其他费用。以下是对这一问题的详细分析：

一、信用卡逾期后的费用构成

信用卡逾期后，除了本金外，通常还会产生以下费用：

1. 逾期利息：根据信用卡领用合约及相关法律规定，持卡人逾期未还款的，银行有权按照约定收取逾期利息。逾期利息的计算方式通常为日利率乘以逾期天数再乘以未还款金额。
2. 违约金：部分信用卡领用合约中还规定了违约金条款，当持卡人逾期未还款时，银行有权收取一定比例的违约金。

二、逾期90天后还款的性质

当信用卡逾期90天后，持卡人进行还款时，所还款项的性质并非全部为本金。根据银行的规定和信用卡领用合约的约定，还款时通常会按照以下顺序进行抵扣：

1. 先抵扣逾期利息和违约金：银行在收到还款后，会首先抵扣持卡人因逾期而产生的利息和违约金。
2. 再抵扣本金：在抵扣完逾期利息和违约金后，剩余的款项才会用于抵扣本金。

三、特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况，如银行与持卡人之间有特别约定，或者银行出于某种原因（如促销活动、客户关怀等）决定对持卡人的逾期费用进行减免或调整。在这种情况下，持卡人还款时可能更多地抵扣本金，或者甚至全部抵扣本金。但这种情况并非普遍现象，需要具体问题具体分析。

四、法律建议

1. 及时还款：为了避免逾期产生的额外费用，建议持卡人按时还款，避免逾期。
2. 了解合约条款：在办理信用卡时，应仔细阅读信用卡领用合约，了解逾期还款的相关规定和费用构成。
3. 与银行沟通：如果因特殊原因无法按时还款，建议及时与银行沟通，寻求解决方案，如申请延期还款、分期还款等。

总结来说，信用卡逾期90天后还进去的款项并不一定全部是本金，还可能包括逾期利息、违约金等其他费用。持卡人在还款时应了解清楚费用构成和抵扣顺序，以便更好地规划自己的还款计划。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。