结论：信用卡逾期扣储蓄卡的钱，如果协商分期成功后，这部分被扣的钱是否算作还款，需分情况讨论，一般情况下算作还款，但需确保协商分期协议明确且已实际履行。以下从不同角度详细分析：
一、协商分期协议的法律效力
协议内容明确性：
- 若您与银行就信用卡逾期款项达成了协商分期协议，且协议中明确约定了分期还款的金额、期限、方式等关键条款，同时银行已按照协议从您的储蓄卡中扣除了相应款项，那么这部分被扣的钱应当算作还款。
- 协商分期协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，因此具有法律效力。银行按照协议扣款，是履行协议义务的行为，您也应按照协议履行还款义务。
协议履行情况：
- 除了协议内容明确外，还需确保协议已实际履行。即银行已按照协议从您的储蓄卡中扣除了相应款项，且您未对扣款提出异议或撤销协议。
- 如果协议虽已签订，但银行未实际扣款，或者您撤销了协议，那么这部分被扣的钱（如果尚未扣除）则不算作还款。
二、扣款行为的合法性
银行扣款权限：
- 银行在信用卡逾期后，有权根据信用卡章程和领用合约的约定，从您的储蓄卡中扣款以偿还逾期款项。但这种扣款行为需基于您的授权或协议约定。
- 如果银行未经您同意或未按照协议约定擅自扣款，那么这种扣款行为可能构成违法，您有权要求银行返还被扣款项并承担相应责任。
扣款金额与协议一致性：
- 银行扣款的金额应与协商分期协议中约定的金额一致。如果银行扣款的金额超过了协议约定的金额，那么超出部分可能不算作还款，您有权要求银行返还超出部分。
三、实际操作中的注意事项
保留证据：
- 在与银行协商分期时，建议您保留好协商分期协议、扣款记录等相关证据。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为证明您还款情况的重要依据。
及时沟通：
- 如果您对银行的扣款行为有异议或疑问，应及时与银行沟通并寻求解决方案。避免因为沟通不畅或拖延时间而导致问题复杂化。
关注账户变动：
- 在协商分期期间，建议您密切关注您的储蓄卡账户变动情况。确保银行按照协议约定扣款，并及时发现并处理任何异常情况。
建议：如果您对信用卡逾期扣储蓄卡的钱是否算作还款仍有疑问，或者遇到了相关纠纷，建议您直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。