特许权使用费的扣缴义务人，根据具体情况的不同，主要分为非居民企业作为支付人时的扣缴义务，以及居民企业或个人作为支付人时的自行申报与扣缴情况。以下是对这一问题的详细分析：

1. 非居民企业作为支付人时的扣缴义务：

   • 法律规定：根据《中华人民共和国企业所得税法》第三十七条，对非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。
   • 特许权使用费适用：特许权使用费属于非居民企业在中国境内未设立机构、场所，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的情况下，从中国境内取得的所得之一。因此，当非居民企业作为特许权使用费的支付人（实际上这里更准确的说法是，当境内企业或个人向非居民企业支付特许权使用费时），境内企业或个人作为支付方，负有扣缴义务。

2. 居民企业或个人作为支付人时的自行申报与扣缴：

   • 一般情况：对于居民企业或个人向其他居民企业或个人支付特许权使用费的情况，通常不涉及源泉扣缴，而是由支付方自行申报并缴纳相关税费（如果涉及税费的话，如增值税等，但企业所得税方面，居民企业之间的特许权使用费支付一般不涉及预提所得税）。不过，这里主要讨论的是企业所得税的扣缴义务，对于居民企业之间的交易，一般不直接涉及扣缴义务人的问题，而是各自自行申报纳税。
   • 特殊情况说明：若特许权使用费的支付涉及跨境但支付方为居民企业或个人，且接收方为非居民但不符合源泉扣缴条件（如非居民在中国境内有机构且所得与机构有关联），则可能不直接适用源泉扣缴，而是由非居民自行申报纳税（如果其在境内有纳税义务的话），或者通过其他税收协定或国内法规定的机制处理。但在大多数常规跨境特许权使用费支付场景下，若接收方为非居民且无机构或所得与机构无关联，则支付方（居民企业或个人）作为扣缴义务人的情况更为常见（不过实际操作中，个人支付特许权使用费给非居民的情况相对较少，且可能涉及更复杂的税务处理）。

实际应用中的注意事项：

• 在实际操作中，确定扣缴义务人时，应首先明确交易双方的身份（居民企业/个人或非居民企业/个人）以及所得的性质（是否属于特许权使用费等）。
• 对于跨境交易，还应考虑税收协定、国内税法以及相关税务机关的具体规定和解释，以确保合规纳税。
• 如果对扣缴义务人的确定或税务处理存在疑问，建议及时咨询专业税务律师或税务机关以获取准确指导。

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