合作协议中约定借款条款，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
意思自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。合作协议作为双方自愿达成的协议，只要内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，在合作协议中约定借款条款，是双方意思自治的体现，具有合法性。
借款合同的法律规定：借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。只要合作协议中的借款条款符合借款合同的基本要素，如借款金额、借款期限、利息等，且双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，该借款条款就是有效的。
需要注意的合法性要点
利息约定：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，受法律保护。超过部分的利息约定无效。因此，在合作协议中约定借款利息时，应确保利率不超过法定上限，否则超出部分的利息将不受法律保护。
借款用途：借款用途应当合法，不得用于非法活动。如果借款用途违法，不仅可能导致借款合同无效，还可能引发其他法律责任。
合同形式：虽然口头协议在法律上也是有效的，但为了保障双方权益，建议将合作协议及借款条款以书面形式固定下来，并由双方签字或盖章确认。这样在发生纠纷时，可以提供更充分的证据来支持自己的主张。
可能的法律后果
合同有效：如果合作协议中的借款条款符合上述合法性要点，那么该条款就是有效的。双方应按照约定履行各自的义务，如借款人应按时还款并支付利息，贷款人应按时提供借款。
合同无效：如果合作协议中的借款条款存在违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗的情况，或者利息约定超过法定上限等，那么该条款可能被认定为无效。此时，双方应根据实际情况协商解决纠纷，或者通过法律途径解决。
建议：在签订合作协议时，如果涉及借款条款，建议双方充分沟通并明确各自的权利和义务。如有必要，可以咨询专业律师的意见，以确保合作协议及借款条款的合法性和有效性。如果你有具体的合作协议或借款条款需要审查或咨询，可以直接向我提问。