若法院对合法有效的协议不进行判决，当事人可采取以下措施来维护自身权益：
与法院沟通，了解原因：
- 当事人可以首先与审理案件的法院或法官进行沟通，了解为何对合法有效的协议未作出判决。可能是因为案件存在某些特殊情况，如需要进一步调查取证、等待其他相关案件的审理结果等。通过沟通，当事人可以更清晰地了解案件进展和法院的考虑因素。
申请法院作出判决：
- 如果沟通后发现法院无正当理由未对合法有效的协议作出判决，当事人可以向法院提交书面申请，要求法院尽快作出判决。在申请中，当事人应明确阐述协议的合法性和有效性，以及法院未判决对其造成的影响和损失，请求法院依法履行职责，作出公正判决。
向上级法院申诉或申请再审：
- 如果法院在收到当事人的申请后，仍然未作出判决，或者当事人对法院的判决结果不满意，认为判决存在错误或不当之处，当事人可以向上一级法院提出申诉或申请再审。在申诉或申请再审时，当事人需要提供充分的证据和理由，证明原判决存在错误或不当，请求上级法院对案件进行重新审理并作出公正判决。
寻求其他法律救济途径：
- 除了上述措施外，当事人还可以考虑寻求其他法律救济途径，如向检察机关申请法律监督、向仲裁机构申请仲裁（如果协议中有仲裁条款）等。这些途径可以为当事人提供更多的选择和保障，帮助其维护自身合法权益。
在处理此类情况时，当事人需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对法院未判决的情况，当事人应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击法院和法官。通过合法途径表达诉求和意见，是维护自身权益的正确方式。
- 及时收集和保存证据：在处理此类案件时，证据是至关重要的。当事人应及时收集和保存与协议相关的所有证据和文件，以便在需要时提供给法院或上级法院进行审查。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了一些建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类复杂案件时，建议你咨询专业律师的意见和帮助。律师可以根据你的具体情况和案件进展，为你提供更具体、更专业的法律建议和指导。
如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，为你提供清晰、详细、有深度的解答和建议。