结论：政府治理河道占用农民自行垫的土地，是否需要补偿需根据具体情况判断，主要包括土地权属、占用性质及是否符合公共利益等因素。以下从不同角度详细分析：

一、土地权属是关键前提

1. 若土地属于农民合法承包或拥有使用权的
   根据《土地管理法》第四十八条，征收土地应当给予公平、合理的补偿，包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。即使土地是农民自行垫高或改良的，只要其享有合法使用权，政府占用时仍需补偿。
   例如：农民通过合法程序承包了集体土地，并自行垫高用于种植，政府因治理河道需占用该土地，此时应按征收标准补偿土地价值及地上附着物（如改良土壤、农作物等）。

2. 若土地权属存在争议或农民无合法使用权
   若土地属于集体所有且未分配给农民，或农民通过非法手段占用（如未经批准擅自填河造地），则可能无法获得补偿。
   例如：农民未经许可在河道管理范围内自行填土造地，此类土地属于违法占用，政府治理河道时可能无需补偿，甚至可能要求恢复原状。

二、占用性质决定补偿义务

1. 因公共利益（如防洪、治污）占用
   根据《民法典》第二百四十三条，为了公共利益的需要，依法征收土地的，应给予补偿。河道治理属于典型的公共利益项目，政府需履行补偿义务。
   例外：若占用行为被认定为“紧急避险”（如突发洪水需立即拓宽河道），可能适用无过错责任原则，但事后仍需通过行政补偿程序解决。

2. 非公共利益占用（如商业开发）
   若政府以治理河道为名行商业开发之实（如占用后建设商业设施），则需按市场价值全额补偿，且可能涉及行政程序违法（如未履行听证、公示等程序）。

三、补偿范围与标准

1. 土地补偿费
   按被征收土地的原用途（如耕地、林地）及当地综合地价计算，具体标准由省级政府制定并公布。
   公式：土地补偿费 = 被征收土地面积 × 当地综合地价（元/亩）。

2. 安置补助费
   按需安置的农业人口数计算，标准为当地前三年平均年产值的4-6倍（最高不超过15倍）。
   公式：安置补助费 = 需安置人口数 × 当地平均年产值 × 倍数。

3. 地上附着物补偿
   包括农民自行垫高的土地改良费用（如填土成本）、农作物、树木等，按实际损失评估补偿。
   例如：农民垫高土地花费5万元，政府应补偿该成本；若土地上种植了经济作物，还需补偿作物价值。

四、农民维权建议

1. 核实土地权属
   通过查询土地承包合同、集体土地所有权证等文件，确认自身是否享有合法使用权。

2. 要求政府公示征收文件
   政府应公示征收决定、补偿方案及评估报告，农民可要求查看并核对补偿标准是否合法。

3. 申请行政复议或诉讼
   若对补偿金额或程序有异议，可在知道征收行为之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

总结：政府治理河道占用农民土地是否补偿，需以土地权属合法、占用符合公共利益为前提。若符合条件，农民有权获得土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿；若权属存疑或占用非法，则可能无法获偿。建议农民在遇到此类问题时，及时收集证据并咨询专业律师，通过法律途径维护权益。