流标后赔偿招标人的款项是否需要开发票，需分情况讨论：

1. 若赔偿款属于经济补偿性质，且不涉及货物、服务或无形资产、不动产的转让
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及增值税相关规定，发票的开具以“发生经营业务”为前提。若流标赔偿仅是因招标流程终止导致的违约补偿（如保证金没收、违约金支付），且未伴随实际货物或服务的交易，则不属于增值税应税行为，无需开具发票。招标人收到款项后，可凭收款收据、合同条款、银行转账记录等作为财务入账凭证。

2. 若赔偿款与货物、服务交易直接相关，或涉及增值税应税项目
   例如，招标人已预付部分货款或服务费，流标后需退还并支付利息/违约金，或赔偿款中包含对已提供部分服务的补偿（如前期调研费用），则需区分处理：

   • 退还本金部分：若原交易已开具发票，可能需按《增值税发票开具及使用规定》开具红字发票冲销；
     
   • 赔偿利息/违约金：若属于价外费用（如合同约定违约金为货款的一定比例），则需并入销售额计算增值税，需开具发票；
     
   • 服务补偿部分：若赔偿款实际是对已提供服务的对价（如流标前已完成部分咨询工作），则需按服务内容开具增值税发票。

实务建议：

• 招标人与投标人应在合同中明确赔偿款的性质、计算方式及税务处理条款，避免争议；
  
• 若涉及大额赔偿，建议提前咨询税务机关或专业律师，确保合规操作；
  
• 财务处理时，需保留完整证据链（如合同、流标通知、赔偿协议、付款凭证等），以备税务稽查。

总结：流标赔偿是否需开发票，核心取决于赔偿款是否属于增值税应税范围。若仅为纯经济补偿且无实际交易，无需开票；若涉及货物、服务或价外费用，则需按税法规定处理。具体操作建议结合合同条款及税务规定综合判断。