双方已清账的情况下，公司可以出具一份清账确认书或结算协议来明确双方的权利义务关系已终结。以下从不同角度为你详细说明：

从内容构成角度

1. 标题：可以写“清账确认书”或者“结算协议”，明确文档的性质。
2. 双方信息：写明公司的全称、法定代表人或负责人姓名、联系方式、地址等信息，同时也要写明另一方的详细信息，如果是个人，需写明姓名、身份证号、联系方式、地址等；如果是其他公司，则与公司自身信息列举方式相同。
3. 清账事项说明
   • 详细描述清账所涉及的业务内容，例如是货物买卖的货款清账、服务费用的清账，还是合作项目的款项清账等。
   • 明确清账的金额，包括大写和小写金额，以避免金额方面的争议。例如“经双方核对确认，截至[具体日期]，甲方（公司）应向乙方支付的款项总计人民币[小写金额]元（大写：[大写金额]元），该款项已全部结清”。
4. 双方权利义务声明
   • 声明自清账确认之日起，双方就上述清账事项的权利义务关系终结，任何一方不得再就该事项向对方主张任何权利或要求对方承担任何义务。例如“自本确认书签署之日起，甲乙双方就上述[具体业务事项]的债权债务关系全部终结，双方均不得再就该事项向对方提出任何主张或要求”。
   • 可以约定保密条款，如果清账事项涉及双方的商业秘密或敏感信息，双方应承担保密义务，不得向第三方披露。
5. 违约责任：虽然双方已清账，但为了确保协议的严肃性，可以约定如果一方违反本确认书的约定，应承担的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
6. 争议解决方式：约定如果双方在履行本确认书过程中发生争议，应通过何种方式解决，如协商、仲裁或诉讼等。例如“如双方在本确认书履行过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向[具体仲裁机构名称]申请仲裁或向有管辖权的人民法院提起诉讼”。
7. 签署部分：留出双方签字（或盖章）和日期的空白处，公司需加盖公章，个人需签字并按手印。

从形式角度

1. 书面形式：清账确认书或结算协议应当采用书面形式，以确保其证据效力。书面形式可以是纸质文档，也可以是电子文档（如PDF格式），但电子文档最好通过可靠的电子签名方式进行签署，以确保其真实性和合法性。
2. 多份留存：双方应各自留存一份清账确认书或结算协议的原件，以备后续查询和作为证据使用。

示例模板

清账确认书

甲方（公司）： 公司名称：[公司全称] 法定代表人：[法定代表人姓名] 地址：[公司地址] 联系方式：[联系电话]

乙方： 姓名/公司名称：[对方姓名或公司全称] 身份证号/统一社会信用代码：[对方身份证号或统一社会信用代码] 地址：[对方地址] 联系方式：[联系电话]

鉴于甲乙双方就[具体业务事项]存在债权债务关系，经双方友好协商，就清账事宜达成如下确认：

一、清账事项

经双方核对确认，截至[具体日期]，甲方应向乙方支付的款项总计人民币[小写金额]元（大写：[大写金额]元），该款项已全部结清。

二、权利义务终结

自本确认书签署之日起，甲乙双方就上述[具体业务事项]的债权债务关系全部终结，双方均不得再就该事项向对方提出任何主张或要求。

三、保密条款

双方应对本确认书的内容及在清账过程中知悉的对方商业秘密、敏感信息等予以保密，未经对方书面同意，不得向任何第三方披露。

四、违约责任

若一方违反本确认书的约定，应向对方支付违约金人民币[具体金额]元，并赔偿对方因此遭受的全部损失。

五、争议解决

如双方在本确认书履行过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向[具体仲裁机构名称]申请仲裁或向有管辖权的人民法院提起诉讼。

六、其他条款

本确认书一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签字（或盖章）之日起生效。

甲方（盖章）：__________________ 法定代表人或授权代表（签字）：______ 日期：___年_月____日

乙方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

如果你在撰写清账确认书或结算协议过程中还有其他疑问，或者有其他法律问题，都可以直接向我咨询。