非法侵占他人宅基地的诉讼时效问题，需根据具体请求权性质来分析，一般赔偿请求适用三年诉讼时效，但涉及物权保护时情况有所不同。以下是详细分析：
一、一般时效规定
三年普通诉讼时效：
- 对于非法侵占宅基地引发的赔偿纠纷，通常适用一般的民事诉讼时效规定，即三年。这一时效从权利人知道或者应当知道其权利受到损害以及义务人之日起计算。例如，当宅基地权利人明确知晓宅基地被侵占且知道侵占行为人时，三年时效开始计算。
时效中断与重新计算：
- 在三年时效期间内，若权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等法定情形发生，诉讼时效会中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。
二、特殊时效规定与物权保护
不动产物权保护不受时效限制：
- 宅基地作为不动产，若权利人仅主张确认宅基地的物权归属或请求返还宅基地，不适用诉讼时效规定。这是因为物权的确认和返还是永恒的，不受时间限制。只要侵占行为持续存在，权利人就有权随时主张恢复物权的圆满状态。
债权请求权适用三年时效：
- 若物权受到侵害后，权利人主张侵权损害赔偿等债权请求权，则仍适用三年诉讼时效。例如，因宅基地被侵占而遭受的经济损失，如土地使用收益损失等，权利人需要在三年内提起诉讼来主张这些权利。
最长时效二十年：
- 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院一般不予保护。但如有特殊情况，如权利人因不可抗力或其他障碍无法行使请求权，人民法院可根据权利人的申请决定延长。
三、实际操作建议
及时收集证据：
- 在处理非法侵占宅基地纠纷时，权利人应尽快收集并妥善保存相关证据，包括宅基地权属证明、侵占行为的证据（如照片、视频、证人证言等），以便在诉讼中能够有力地支持自己的主张。
明确请求权性质：
- 权利人应明确自己的请求权性质，是要求返还宅基地还是主张损害赔偿。不同的请求权性质可能适用不同的诉讼时效规定。
寻求法律帮助：
- 面对复杂的非法侵占宅基地纠纷，权利人应及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和诉讼策略。
举例说明：
- 假设A发现B非法侵占了其宅基地，并开始使用。A在发现后立即向B提出返还请求，但B拒绝。此时，A若仅主张返还宅基地，则不受三年诉讼时效的限制，可以随时向法院提起诉讼。
- 若A在发现B侵占宅基地后，未及时提出返还请求，而是过了几年后才主张损害赔偿（如土地使用收益损失），则此时需适用三年诉讼时效规定。若从A知道或应当知道损害发生之日起已超过三年，且无法定中断、中止情形，则A可能丧失胜诉权。
综上所述，非法侵占他人宅基地的诉讼时效问题需根据具体情况分析。权利人应明确自己的请求权性质，及时收集证据，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。