结论：在等红绿灯时，如果车辆占用了转弯或掉头车道但并未按照该车道指示进行转弯或掉头，而是直行或者有其他违规行为，是有可能被扣分的，具体是否扣分及扣分情况需根据实际违规行为和交通法规来判断。

分析说明：

1. 车道使用规定：

   • 转弯车道和掉头车道是专门为车辆转弯或掉头而设置的。车辆在这些车道上应当按照指示进行转弯或掉头。
   • 如果车辆在转弯或掉头车道上直行，或者未按照车道指示进行转弯或掉头，就违反了车道使用规定。

2. 违规行为的后果：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，车辆不按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通行的，可能会受到警告、罚款、扣分等处罚。
   • 具体扣分情况会根据违规行为的严重程度和当地交通法规的具体规定来确定。例如，有些地方可能对不按导向车道行驶的行为扣2分或3分，并处以一定金额的罚款。

3. 实际案例与判断：

   • 在实际交通管理中，交警会根据车辆的实际行驶轨迹、车道指示标志、交通信号灯等因素来判断车辆是否违规。
   • 如果车辆在等红绿灯时占用了转弯或掉头车道，但绿灯亮起后并未按照该车道指示进行转弯或掉头，而是直行或者有其他违规行为，那么交警很可能会对其进行处罚。

法律建议：

• 驾驶员在驾驶车辆时，应当严格遵守交通法规，按照车道指示和交通信号灯行驶。
• 如果不确定某个车道的使用规定或者交通信号灯的含义，应当提前减速观察，或者咨询交警或相关交通管理部门。
• 如果因为违规行为被处罚，驾驶员应当接受处罚，并认真反思自己的驾驶行为，避免再次违规。

特殊情况说明：

• 如果车辆因为前方障碍物、交通事故等特殊情况而不得不占用转弯或掉头车道直行，且能够提供相关证据（如行车记录仪视频、交警证明等），那么可能可以免于处罚或者减轻处罚。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。

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