针对出让土地25年后被认定为违章的赔偿问题，需分情况讨论，核心结论如下：
若土地出让合同本身合法有效，但后续使用中存在违章行为
根据《城乡规划法》第六十四条，若土地使用权人未按规划许可建设（如超面积、改变用途等），行政机关可责令限期改正、罚款或没收违法所得。赔偿逻辑：
- 行政机关无权直接要求“赔偿”，但可能通过行政处罚（如罚款）或强制拆除措施追究责任；
- 若因违章导致第三方损失（如相邻权受损），需按《民法典》侵权责任编承担民事赔偿责任；
- 若土地出让合同中约定了违约责任条款（如“未按规划使用土地需支付违约金”），需按合同约定履行。
若土地出让合同本身因程序违法被认定无效（如未依法招标、拍卖、挂牌）
根据《民法典》第一百五十七条，合同无效后，因该合同取得的财产应返还；不能返还或无必要返还的，应折价补偿。赔偿逻辑：
- 行政机关可能撤销土地使用权证，要求返还土地；
- 若使用权人已投入建设成本，可主张“信赖利益损失”（如土地出让金、前期开发费用等），但需证明其无过错（如未明知合同违法）；
- 若行政机关存在过错（如违规出让土地），可能需按《国家赔偿法》承担行政赔偿责任，但实践中此类赔偿范围通常限于直接损失（如土地出让金利息），不包括预期收益。
若土地因政策调整被认定为“违章”（如规划变更导致原用途不符合新规）
根据《行政许可法》第八条，行政机关因公共利益需要变更或撤回已生效的行政许可（如土地规划许可），应补偿相对人因此遭受的财产损失。赔偿逻辑：
- 补偿范围通常限于实际投入成本（如土地平整费用、已建建筑物残值），不包括预期收益；
- 若使用权人未及时办理规划变更手续或存在其他过错，可能减少补偿比例；
- 需通过行政协商或行政诉讼程序确定补偿金额。
行动建议：
- 第一步：核查土地出让合同、规划许可文件及行政机关的认定依据，明确“违章”的具体事由（是程序违法、实体违规还是政策调整）；
- 第二步：收集土地出让金支付凭证、建设投入发票、第三方损失证据等材料，评估赔偿/补偿范围；
- 第三步：根据事由选择救济路径：对行政处罚不服可申请行政复议或提起行政诉讼；对合同无效或补偿争议可提起民事诉讼或行政赔偿诉讼。
提示：土地违章问题涉及行政法、民法、合同法等多领域交叉，具体方案需结合证据材料和地方性法规细化。如有进一步疑问，可直接向我提供土地出让合同、行政机关认定文件等材料，以便针对性分析。