被查封的存单，银行通常不能再做质押止付。以下从法律原理、实际操作及可能后果三个角度进行详细分析：

法律原理角度

查封是司法机关对财产采取的一种强制措施，旨在确保财产在诉讼或执行过程中不被转移、隐匿或毁损，以保障债权人的合法权益。一旦存单被查封，其处分权就受到了限制，包括但不限于转让、质押等。质押止付，作为质押的一种形式，要求质押物（在此为存单）必须具有可质押性，即质押物应未被限制处分。因此，从法律原理上讲，被查封的存单因处分权受限，无法再作为质押物进行质押止付。

实际操作角度

银行在办理质押止付业务时，会严格审查质押物的权属状况及是否被限制处分。若存单已被查封，银行在查询相关登记信息或接到司法机关的通知后，会拒绝办理质押止付业务，以避免因违反法律规定而承担法律责任。此外，银行内部也有严格的规章制度，禁止对被查封的财产进行质押等处分行为。

可能后果角度

若尝试对被查封的存单进行质押止付，可能会面临以下法律后果：

1. 质押无效：由于存单已被查封，其处分权受限，因此质押行为可能被认定为无效。这意味着，即使办理了质押止付手续，质押权人也无法享有质押权，无法在债务人不履行债务时优先受偿。
2. 法律责任：若因质押行为导致司法机关对银行或相关责任人采取强制措施（如罚款、拘留等），或要求承担赔偿责任，相关责任人将面临法律责任。

建议：若您持有被查封的存单，并希望解决债务问题，建议与债权人协商，寻求其他合法的解决方案，如提供其他担保物、分期偿还债务等。同时，您也可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作方式，以更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。