结论：跟案件无关的手机卡，在案件调查清楚后，通常应当退还给其合法持有人。
分析说明：
手机卡作为证据的扣押条件：
- 在刑事案件中，扣押物品通常是为了收集证据或防止证据灭失。如果手机卡与案件无关，即它并未被用于实施犯罪行为，也没有存储或传输与犯罪相关的信息，那么它就不具备作为证据被扣押的必要性。
退还手机卡的法律依据：
- 根据刑事诉讼法的相关规定，对于与案件无关的物品，侦查机关应当及时退还。这一原则同样适用于手机卡。如果手机卡被错误扣押或调查后确认与案件无关，侦查机关有义务将其退还给合法持有人。
退还手机卡的实践做法：
- 在实际操作中，退还手机卡通常需要留下相关凭证，如退还清单或收据，以确保手机卡归还的准确性。同时，合法持有人也有权要求侦查机关出具退还证明，以维护自己的合法权益。
特殊场景：
手机卡虽与案件无关，但涉及其他法律问题：
- 如果手机卡虽然与当前调查的案件无关，但涉及其他法律问题（如涉及另一案件的证据、涉及违法活动的记录等），那么侦查机关可能会根据其他法律规定或案件需要，继续扣押或采取其他法律措施。
手机卡被错误扣押：
- 如果手机卡被错误扣押，合法持有人有权向侦查机关提出异议，并要求退还。如果侦查机关拒绝退还，合法持有人可以通过法律途径维护自己的权益，如向检察机关申诉或提起行政诉讼等。
行动建议：
保留相关凭证：
- 如果您的手机卡被扣押，请务必保留好扣押清单、收据等相关凭证，以便在需要时证明手机卡的归属和扣押情况。
及时沟通：
- 如果您认为手机卡与案件无关，应及时与侦查机关沟通，说明情况并要求退还。在沟通过程中，保持冷静和理性，提供必要的证据和信息以支持自己的主张。
寻求法律帮助：
- 如果您的手机卡被错误扣押或侦查机关拒绝退还，您可以考虑寻求法律帮助。作为一名专业律师，我能够为您提供专业的法律咨询和辩护服务，帮助您维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。