在职事业单位干部持有非上市公司股份的处理方式需根据具体情况判断，核心结论如下：
- 若属于违规持股情形，需依法依规退出股份
根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第十八条，事业单位工作人员不得“违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬”。若干部通过直接持股、代持、隐名投资等方式持有非上市公司股份，且该行为未履行审批程序或违反廉洁纪律，可能构成违规。
处理方式：
- 立即停止参与公司经营决策；
- 通过股权转让、公司回购等方式退出股份，并确保退出过程合法合规（如签订书面协议、完成工商变更登记）；
- 若涉及利益输送或腐败问题，需主动向单位或纪检监察部门说明情况，配合调查。
- 若符合特定条件，可保留股份但需严格限制
若干部持股行为符合以下条件，可能被允许保留：
- 经组织批准：部分地区或单位允许干部在特定情况下（如科技成果转化、参与混合所有制改革）持股，但需提前报批并明确持股期限、退出机制；
- 无利益冲突：持股公司未与所在单位存在业务往来、关联交易或竞争关系；
- 未利用职务便利：持股行为未依赖干部的职务影响力或资源。
处理方式：
- 保留股份期间，需定期向单位申报持股情况；
- 避免参与公司管理或获取额外利益；
- 持股期限届满或离职时，按约定退出股份。
- 若涉嫌违法犯罪，需承担法律责任
若干部通过持股谋取不正当利益（如收受贿赂、挪用公款投资），可能触犯《刑法》中的贪污罪、受贿罪或非法经营同类营业罪等。
处理方式：
- 立即停止违法行为；
- 主动向司法机关投案自首，争取从宽处理；
- 配合退缴违法所得，赔偿单位损失。
建议：
- 干部应首先自查持股行为是否符合单位规定及法律法规；
- 若存在违规风险，建议优先通过合法途径退出股份；
- 如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范措施。