协议中“全部款项付清后生效”的条款，可以按照以下方式撰写，以确保条款清晰、明确且具备法律效力：
明确生效条件：在协议中直接写明“本协议自双方签字（或盖章）之日起成立，但自甲方（付款方）付清全部款项之日起生效”。这样的表述直接且清晰，明确了协议生效的具体条件。
详细描述款项内容：为了进一步增强条款的明确性，可以在协议中详细列出全部款项的具体内容，如“本协议所指的全部款项包括但不限于：合同总价款、违约金、赔偿金等（根据实际情况列举）”。这样，双方对“全部款项”的范围有共同的理解，避免后续产生争议。
设定付款期限与方式：为了确保付款的顺利进行，协议中还应明确付款的期限和方式。例如，“甲方应于本协议签订之日起XX日内，以XX方式（如银行转账、现金等）将全部款项支付至乙方指定的账户”。这样的条款有助于双方按照约定履行付款义务。
考虑违约责任：为了保障协议的严肃性和双方的权益，可以在协议中设定违约责任条款。如“若甲方未按照约定时间付清全部款项，则视为甲方违约，乙方有权要求甲方支付违约金，并有权选择解除本协议或要求甲方继续履行”。这样的条款有助于促使甲方按时付款，并在违约时给予乙方相应的救济。
示例条款：
“本协议自双方签字（或盖章）之日起成立，但自甲方付清全部款项之日起生效。本协议所指的全部款项包括合同总价款人民币XX元、违约金（如有）及赔偿金（如有）等。甲方应于本协议签订之日起XX日内，以银行转账方式将全部款项支付至乙方指定的账户。若甲方未按照约定时间付清全部款项，则视为甲方违约，乙方有权要求甲方支付违约金人民币XX元，并有权选择解除本协议或要求甲方继续履行。”
在撰写协议时，请务必根据实际情况进行调整和完善，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。