针对挪用资金取得的不合法股权，法院的处理方式需结合具体案情，但核心原则是依法追缴违法所得、恢复原状，并可能追究刑事责任。具体处理方式如下：

1. 股权追缴与返还
   若股权仍登记在行为人名下或实际控制中，法院会直接判决追缴该股权，并返还给被侵害的公司或股东。例如，行为人挪用公司资金购买本公司股权，法院可能判决将股权过户至公司名下，恢复公司资本完整。若股权已转让给第三方，需进一步审查第三方是否善意取得：

   • 善意取得：若第三方不知情且支付合理对价，股权可能不予追缴，但行为人需以其他财产赔偿公司损失；
     
   • 非善意取得：若第三方明知或应知股权来源非法，法院会追缴股权或要求第三方返还价款。

2. 违法所得没收与赔偿
   若股权已变现（如转让后获得现金），法院会没收违法所得，并责令行为人向公司赔偿等额损失。例如，行为人挪用资金购买股权后高价卖出，获利部分需全部追缴，不足部分由行为人个人财产补足。

3. 刑事责任追究
   挪用资金行为可能构成《刑法》第二百七十二条的挪用资金罪，法院会同步审理刑事责任：

   • 量刑标准：根据挪用金额、用途（如个人使用、营利活动、非法活动）及是否归还，处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大或拒不归还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
     
   • 刑事附带民事诉讼：公司或股东可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求行为人赔偿经济损失，法院会合并处理。

4. 公司治理与股东权利调整
   若股权涉及公司控制权变更（如行为人通过非法股权成为控股股东），法院可能判决撤销相关股东会决议，恢复原治理结构。例如，行为人伪造签名变更股权登记，法院会宣告决议无效，并责令公司办理工商变更登记。

实务建议：公司发现股权被非法侵占后，应立即固定证据（如资金流向、股权转让协议、股东会决议等），并向公安机关报案，同时提起民事诉讼要求返还股权或赔偿损失。刑事与民事程序并行可最大限度维护公司权益。

如有具体案情或证据材料，可进一步向我提供，我将结合细节分析处理方案。