在有两个房产证的情况下，不能简单地判断以哪个为准合法，而是需要依据具体情况来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、房产证的真实性与合法性
真实房产证：如果两个房产证中，有一个是真实、合法且经过相关部门登记备案的，那么这个房产证自然具有法律效力，应当以该房产证为准。真实房产证是房屋产权的法定证明，是房屋所有权人行使权利、履行义务的重要依据。
伪造或非法房产证：如果另一个房产证是伪造、变造或者通过非法手段获取的，那么它不具有任何法律效力。在这种情况下，应当以真实、合法的房产证为准，并依法追究伪造或非法获取房产证者的法律责任。
二、房产证的登记内容与实际情况
登记内容一致：如果两个房产证的登记内容（如房屋坐落、面积、用途、所有权人等）完全一致，且都经过相关部门登记备案，那么理论上这两个房产证都应当具有法律效力。但在实际操作中，这种情况较为罕见，且可能涉及重复登记等违法行为。一旦发现，应当及时向相关部门报告，并依法处理。
登记内容不一致：如果两个房产证的登记内容存在差异，如房屋面积、用途或所有权人等关键信息不一致，那么就需要进一步核实哪个房产证的登记内容更符合实际情况。这通常需要通过调查取证、比对相关证据材料等方式来确定。在确定后，应当以符合实际情况的房产证为准，并依法纠正错误的登记内容。
三、特殊情况下的处理
历史遗留问题：在某些特殊情况下，如房屋历史遗留问题、政策调整等，可能导致一个房屋存在多个房产证的情况。对于这种情况，应当根据相关政策、法规以及历史背景等因素进行综合判断，并依法处理。
法院判决或仲裁裁决：如果涉及房屋产权的纠纷已经通过法院判决或仲裁裁决解决，并明确了房屋的所有权归属和房产证效力等问题，那么应当以法院判决或仲裁裁决为准。在这种情况下，即使存在多个房产证，也应当以法院判决或仲裁裁决所确认的房产证为准。
四、法律建议
核实房产证真实性：在面对两个房产证的情况时，首先应当核实它们的真实性。可以通过向相关部门查询、比对登记信息等方式来确认房产证的真实性。
咨询专业律师：如果无法确定哪个房产证为准合法，或者涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助，确保您的权益得到保障。
依法处理纠纷：如果涉及房屋产权纠纷，应当依法通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在处理纠纷过程中，应当尊重法律、尊重事实，并积极配合相关部门的工作。
总之，在有两个房产证的情况下，不能简单地判断以哪个为准合法。而是需要依据具体情况来确定，包括房产证的真实性与合法性、登记内容与实际情况的符合程度以及特殊情况下的处理等因素。如果您面临这样的问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律帮助。