省际包车客运车辆未办理包车证，将面临交通运输主管部门的行政处罚，具体处罚措施需根据违法情节轻重确定。以下从不同角度详细说明：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第九十九条，未取得包车客运经营许可擅自从事包车客运经营的，由交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下罚款；没有违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下罚款。若车辆已取得道路运输证但未随车携带包车证，则依据第一百条规定，由交通运输主管部门责令改正，处警告或20元以上200元以下罚款。

2. 违法情节轻重的影响

   • 首次违法且情节轻微：若车辆已取得道路运输资质，仅因疏忽未携带包车证，通常以警告或小额罚款（如200元）为主，同时责令补办手续。
     
   • 多次违法或情节严重：若未取得包车客运经营许可擅自运营，或存在超范围经营、安全设施不达标等情形，罚款幅度将显著提高（如3万元至10万元），并可能面临车辆暂扣、停业整顿等附加处罚。
     
   • 造成严重后果：若因未办理包车证导致交通事故或群体性事件，除行政处罚外，还可能涉及刑事责任（如危险驾驶罪、重大责任事故罪）。

3. 执法实践中的常见处理方式
   交通运输主管部门在查处时，会重点核查车辆道路运输证、包车合同、线路牌等材料。若车辆已通过线上备案但未打印纸质包车证，可能以“未随车携带”为由从轻处理；若完全未办理任何手续，则按“无证经营”从严处罚。此外，若企业存在系统性违规（如多辆车未办证），还可能被纳入信用监管名单，影响后续经营资质审批。

建议：若您或您的企业涉及此类问题，可先自行核查车辆资质、包车合同及运输记录，评估违法情节轻重。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案，我将结合最新法规和地方执法标准为您提供专业建议。