格式条款违法的违法所得计算方式并非固定不变，而是需要根据具体情况采用不同的方法。以下是对这一问题的详细解析：

一、违法所得的基本概念

违法所得，在法律上，指的是通过非法手段获得的财物或利益，这些本不应为当事人所有的收益是法律追缴和处罚的重点。在格式合同的语境下，违法所得通常指的是企业或个人通过利用不公平的格式条款，从消费者或其他合同相对方那里获取的不当利益。

二、违法所得的计算方法

1. 总收入法

   • 适用情形：当经营者提供的格式合同存在欺诈、强制交易等严重违法行为，导致合同交易本身不具有合法性基础时，可以采用总收入法计算违法所得。
   • 计算方式：计算行为人在一定时期内通过实施违法行为所获得的全部收入，然后扣除与违法行为无直接关联的收入部分（如合法业务收入），剩余部分即为违法所得。

2. 净收益法

   • 适用情形：经营者虽使用违法格式合同条款，但交易本身并非完全无效，仅部分条款侵害了相对方权益时，可以采用净收益法。
   • 计算方式：
     • 计算行为人在实施违法行为过程中的总支出，包括成本、税费等。
     • 从总收入中扣除这些支出，得到净收益。
     • 净收益即为违法所得（如果净收益为正数；若为负数，则可能表示亏损，不构成违法所得）。
   • 举例：假设某企业通过格式合同中的不公平条款，向消费者收取了过高的费用，共计100万元。经过审查，发现该企业的正常运营成本为60万元，且其中只有40万元是与该违法行为直接相关的收入。那么，根据净收益法，该企业的违法所得应为40万元（即100万元总收入减去60万元总支出中与违法行为无关的部分后，再考虑到只有40万元是直接相关收入，实际计算时直接以40万元为违法所得，因为此处的60万元成本中已隐含了与违法行为可能相关的部分成本，但为简化计算，我们直接以直接相关收入作为违法所得的基数，再考虑到成本中已扣除部分，故直接以40万元为准）。更精确的计算可能需要进一步区分成本中与违法行为直接相关的部分和无关部分，但在此我们采用简化方法。

3. 特定比例法

   • 适用情形：在某些情况下，法律法规或监管机构可能会规定一个特定的比例来计算违法所得。
   • 计算方式：按照行为人因违法行为所获得的非法利润的一定比例来确定违法所得。

4. 以多收价款计算

   • 适用情形：格式合同的违法之处主要体现在价格方面，如不合理加价、违规收费。
   • 计算方式：直接计算因格式条款违法而多收的价款作为违法所得。
   • 举例：电信运营商擅自提高增值服务收费标准，高出的费用即为违法所得。

三、特殊情况的考量与处理

• 退还部分的处理：若经营者在被发现违法前已主动退还部分多收款项，计算时应将已退还部分扣除。
• 混合收入的区分：当经营者收入中既有合法交易部分，又有因格式合同违法产生的收入时，应准确区分两者，仅将与违法合同相关的收入纳入违法所得计算范围。

四、计算过程中的注意事项

1. 审查相关证据和材料：确保用于计算的数据真实可靠，必要时聘请专业机构进行审计评估。
2. 依法处理违法所得：根据法律法规规定，对计算出的违法所得进行相应处理，如退还受害者、上缴国库或作为罚款。

五、法律后果与建议

• 法律后果：违法所得的计算不仅关乎经济赔偿，还可能影响对行为人的行政处罚或刑事责任追究。因此，在计算过程中需要充分考虑法律后果的严重性。
• 建议：在处理格式条款违法所得问题时，建议寻求专业律师的帮助和支持，以确保计算的准确性和公正性，并有效维护自身合法权益。

综上所述，格式条款违法的违法所得计算是一个复杂且需根据实际情况灵活处理的问题。在处理过程中，应严格遵循法律法规，确保计算的准确性和公正性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。