赔偿协议中滞纳金的计算需依据协议约定或法律规定，具体分为以下两种情况：

1. 协议有明确约定时
   若赔偿协议中已明确约定滞纳金计算方式（如按日加收一定比例、固定金额等），则直接按协议约定执行。例如：

   • 约定“逾期每日按未支付金额的0.05%加收滞纳金”，则滞纳金=未支付金额×0.05%×逾期天数；
     
   • 约定“逾期超过10日，一次性收取500元滞纳金”，则逾期满10日即需支付固定金额。
     注意：若约定比例过高（如超过法律保护的民间借贷利率上限，当前为LPR的4倍），可能被法院调整至合理范围。

2. 协议未约定或约定不明时
   若协议未约定滞纳金，或约定模糊（如仅写“逾期需支付滞纳金”但未明确标准），则需根据法律规定处理：

   • 参照违约金规则：根据《民法典》第五百八十五条，违约方需赔偿守约方实际损失，损失难以证明时，法院可能参照同类交易习惯或资金占用成本（如LPR利率）酌定滞纳金标准；
     
   • 限制过高或过低：若约定的滞纳金显著高于实际损失（如超过损失的30%），违约方可请求法院减少；若显著低于损失，守约方可请求增加。

操作建议：

• 签订赔偿协议时，建议明确滞纳金计算方式（如比例、上限、起算日等），避免争议；
  
• 若已产生滞纳金纠纷，需收集协议文本、逾期证据、损失证明等材料，必要时通过诉讼或仲裁解决；
  
• 滞纳金与违约金性质类似，但需注意协议中是否同时约定两者，避免重复主张。
  

如有具体协议条款或案件细节，可进一步向我咨询。