有限公司股东大会提前16天通知是否合法，需结合具体情况判断，核心在于公司章程或股东约定是否另有规定。以下从不同角度进行分析：

一、法定通知期限与例外情况

根据《中华人民共和国公司法》第六十四条的规定，召开股东会会议，应当于会议召开十五日前通知全体股东。这是法律对有限责任公司股东会会议通知期限的一般性要求，旨在保障股东有足够的时间了解会议信息，准备并参与决策。然而，该条款同时规定了例外情况，即“公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外”。这意味着，如果公司章程或全体股东就通知期限有特别约定，且该约定不同于法定的15日，那么应按照章程规定或股东约定执行。

二、提前16天通知的合法性分析

1. 公司章程或股东无特别约定：

   • 在此情况下，股东会会议应提前15日通知全体股东。若提前16天通知，虽然超出了法定最低期限，但并不违反法律规定，反而为股东提供了更长的准备时间，通常被视为合法且对股东更为有利的做法。

2. 公司章程或股东有特别约定：

   • 如果公司章程或全体股东就通知期限有特别约定，且该约定短于或长于15日（如约定为16日、20日等），则应按照章程规定或股东约定执行。在此情况下，提前16天通知是否合法，取决于章程或约定的具体内容。若章程或约定明确为16日，则合法；若约定为其他期限，则需按照约定执行，提前16天通知可能不合法（若约定短于16日）或虽合法但非必要（若约定长于16日）。

三、程序瑕疵与决议效力的关系

即使股东会会议的通知期限存在轻微瑕疵（如提前16天通知而章程或约定为15日，但此情况实际并不构成瑕疵，因超出法定期限），也需考虑该瑕疵对决议效力的影响。根据相关法律原则和实践，程序瑕疵并不必然导致决议无效。如果全体股东均出席会议且未对通知程序提出异议，积极参与讨论和表决，则股东会决议通常被视为有效。法院在审理此类案件时，会综合考虑案件具体情况，如股东受影响程度、决议事项的重要性等，进行审理判断。

四、实践建议

为确保股东会决议的有效性和合法性，公司应：

1. 严格遵守法律法规和公司章程：在召开股东会会议时，确保通知期限符合法律规定或公司章程的约定。
2. 明确公司章程规定：如果公司希望采用不同于法定15日的通知期限，应在公司章程中明确规定，并确保全体股东知晓并同意。
3. 注重与股东的沟通：在会议通知中详细说明会议议题、时间、地点等信息，确保股东有足够的时间准备并参与决策。

综上所述，有限公司股东大会提前16天通知是否合法，需结合公司章程或股东约定判断。若无特别约定，则提前16天通知合法且对股东有利；若有特别约定，则需按照约定执行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。