村集体土地上的厂房所有权归属，需根据土地性质及厂房建设情况综合判断，具体如下：
若厂房建在村集体建设用地上：
- 所有权归属：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，集体建设用地归农民集体所有，具体可能属于村农民集体、村内多个农村集体经济组织的农民集体或乡（镇）农民集体。厂房作为建在集体建设用地上的建筑物，其所有权通常与土地所有权相一致，即归农民集体所有（但需注意，若厂房由特定主体投资建设，可能存在所有权与土地所有权分离的情况，需进一步分析）。
- 使用权与经营权：虽然土地所有权归农民集体，但使用权可通过合法途径取得。例如，乡镇企业、乡（镇）村公共设施、公益事业及农村村民住宅等建设，可按规定申请农村集体建设用地使用权。若厂房由乡镇企业或村民个人建设并用于生产经营，则该企业或个人可能享有厂房的使用权及一定期限内的经营权。
- 特殊情况：若厂房是通过出让、出租等方式从土地所有权人处取得集体经营性建设用地使用权后建设的，则厂房的所有权可能归属于土地使用权人（即建设者），但需满足相关法律法规的规定，如签订书面合同、经本集体经济组织成员同意等。
若厂房建在村集体农用地上：
- 法律限制：根据《土地管理法》，农用地转为建设用地需依法办理农用地转用审批手续。若厂房未经批准擅自建在农用地上，则属于违法建筑，不受法律保护，可能面临拆除、罚款等法律后果。
- 所有权归属：在违法建设的情况下，厂房的所有权无法得到法律认可，其归属问题无实际意义。但若后续通过合法程序补办了农用地转用手续并取得了建设用地使用权，则厂房的所有权归属需根据具体情况判断，可能归属于土地使用权人或农民集体。
厂房所有权与土地使用权的分离：
- 常见情况：在实际操作中，厂房的所有权与土地使用权可能发生分离。例如，农民集体将集体建设用地使用权出让给企业或个人用于建设厂房，此时土地使用权归受让方所有，而厂房作为地上建筑物，其所有权可能也归受让方所有（但需在合同中明确约定）。
- 法律后果：若厂房所有权与土地使用权发生分离，双方需在合同中明确各自的权利义务，包括厂房的维护、修缮、拆迁补偿等事项。若因土地使用权变更（如土地被征收、出让期限届满等）导致厂房所有权受到影响，双方需根据合同约定及法律法规的规定处理。
法律建议：
- 对于村集体土地上的厂房所有权归属问题，建议首先查明土地性质（是建设用地还是农用地）及厂房建设情况（是否经过合法审批）。
- 若厂房建在集体建设用地上且经过合法审批，建议查阅相关合同、协议等文件，明确厂房的所有权归属及双方的权利义务。
- 若厂房建在农用地上或未经合法审批，建议尽快咨询当地土地管理部门或律师，了解相关法律法规及政策要求，避免因违法建设而面临法律后果。
- 在处理厂房所有权归属问题时，建议双方保持沟通协商，尽量通过友好方式解决争议。若协商无果，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁解决。
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