结论：林地被法院查封期间，行政部门将其划入水源林的行为是否违法，需根据具体情况判断，主要看该行为是否违反了法律关于查封财产处置的相关规定以及是否损害了相关权利人的合法权益。以下从不同角度进行分析：
一、查封财产的法律保护
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，查封是法院为保障诉讼顺利进行或执行生效法律文书，对被执行人的财产采取的限制性措施。在查封期间，被查封的财产原则上不得进行转让、抵押、出租等处分行为，以确保财产的完整性和价值，从而保障未来可能的执行效果。
分析：若行政部门在林地被法院查封期间，未经法院许可或未遵循法定程序，擅自将其划入水源林，这一行为可能构成对查封财产的非法处分，侵犯了法院对查封财产的司法管辖权，同时也可能损害了相关权利人（如林地所有权人、使用权人或查封申请人）的合法权益。
二、行政行为的合法性审查
行政行为的合法性需从主体、权限、程序、内容等多个方面进行审查。就本案而言，行政部门将林地划入水源林，需确保其具有相应的法定职权，且该行为符合相关法律法规的规定，同时遵循了正当的程序。
分析：
主体与权限：行政部门需具有将林地划入水源林的法定职权。若该职权由法律、法规明确授予，则行政部门有权进行此类划定。
程序合法性：行政部门在划定水源林时，需遵循法定程序，如进行公示、听证等，确保相关权利人的知情权、参与权等得到保障。若行政部门未遵循法定程序，则该行为可能因程序违法而被撤销或确认无效。
内容合法性：划定水源林的行为需符合相关法律法规的规定，如不得违反土地利用总体规划、林业发展规划等。同时，该行为不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
三、可能存在的法律后果
若行政部门在林地被法院查封期间擅自将其划入水源林，且该行为被认定为违法，则可能面临以下法律后果：
行政行为被撤销或确认无效：相关权利人可依法向法院提起行政诉讼，请求撤销或确认该行政行为无效。
赔偿损失：若该行为给相关权利人造成了损失，行政部门需依法承担赔偿责任。
行政处分：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
四、建议与措施
核实行政行为的合法性：相关权利人可首先核实行政部门划定水源林的法律依据、程序及内容等，以判断该行为是否合法。
与行政部门沟通协商：若认为该行为违法或不当，可尝试与行政部门进行沟通协商，寻求妥善解决方案。
依法维权：若沟通协商无果，相关权利人可依法向法院提起行政诉讼或申请国家赔偿等，以维护自身合法权益。
总结：林地被法院查封期间，行政部门将其划入水源林的行为是否违法，需根据具体情况判断。若该行为违反了法律关于查封财产处置的相关规定或损害了相关权利人的合法权益，则可能构成违法。相关权利人可依法核实行政行为的合法性，并与行政部门沟通协商或依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。