员工因疾病请假是否扣工资，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法定医疗期内的情况
- 法律依据：根据《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
- 支付标准：病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资标准为每月2000元，则员工在法定医疗期内请病假时，公司支付的病假工资最低不能低于1600元（2000元×80%）。
- 医疗期时长：医疗期的具体时长根据职工的实际工作年限和在本单位工作年限来确定，如实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下的为三个月，以此类推。
超出法定医疗期的情况
- 员工不能从事原工作：若员工病愈后不能从事原工作，也不能从事公司另行安排的工作，公司有权解除劳动合同，并需按法律规定支付经济补偿金。经济补偿金按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
- 员工能从事工作：若员工病愈后能够回到工作岗位继续工作，对于正常出勤的部分，公司应当按照正常工资标准支付工资。
未履行正规请假流程的情况
- 若员工生病但未按照公司规定的请假流程请假，公司可能会按照旷工处理。旷工期间公司通常不支付工资，且可能根据公司规章制度对旷工行为进行处罚，如扣除一定数额的工资。但公司的规章制度必须是合法制定且经过公示的，否则对员工不具有约束力。
公司规章制度与劳动合同的影响
- 公司对于员工生病请假的薪资扣除政策，除遵循法律法规外，还可能受公司具体规章制度和劳动合同内容的影响。因此，员工应查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解具体的病假政策和薪资扣除标准。
- 部分用人单位为吸引和留住人才，可能规定员工在一定期限或范围内请病假不扣工资，如带薪病假制度。若用人单位与工会或职工代表通过集体协商达成特别约定，且不违反法律法规，则按约定执行，如特定疾病全额发放病假工资。
建议：
- 员工在请假前应与公司沟通确认，明确请假流程和薪资支付情况，以避免因误解或信息不对称而产生不必要的纠纷。
- 若员工对病假工资的支付有异议，可通过与用人单位协商解决、申请劳动仲裁或提起诉讼等合法途径来维护自身权益。
综上所述，员工因疾病请假是否扣工资，需结合劳动法规定、劳动合同约定以及用人单位的规章制度来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。