结论前置：员工因不能胜任工作被辞退时，是否需要赔偿取决于辞退行为的合法性。若辞退行为合法，用人单位通常需支付经济补偿；若辞退行为违法，则需支付赔偿金。
详细分析：
- 合法辞退与经济补偿：
- 前提条件：员工确实存在不能胜任工作的情况，且用人单位有充分证据予以证明，如明确的岗位职责要求、客观的绩效考核记录等。
- 程序要求：在辞退前，用人单位已对员工进行了培训或调整了工作岗位，且经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作。用人单位需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。
- 通知与支付：用人单位需提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 经济补偿：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
例子：员工小张在某公司工作了2年零8个月，月平均工资为7000元。若公司以小张不能胜任工作且经过培训后仍不能胜任为由合法解除劳动合同，则需向小张支付3个月工资的经济补偿，即21000元。若公司未提前三十日书面通知，还需额外支付一个月工资7000元。
- 违法辞退与赔偿金：
- 程序不合法：如果用人单位未按照法律规定的程序进行操作，如未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
- 缺乏证据：若用人单位无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
- 赔偿责任：在违法辞退的情况下，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。赔偿金计算基于员工在本单位工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。
例子：员工小李在某公司工作了1年零4个月，月平均工资为6000元。若公司无任何证据证明小李不能胜任工作就直接将其辞退，则属于违法解除劳动合同，应向小李支付赔偿金。赔偿金为经济补偿（1.5×6000=9000元）的二倍，即18000元。
- 特殊情况：
- 对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的员工，向其支付的经济补偿标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
总结与建议：
员工因不能胜任工作被辞退时，赔偿问题需根据具体情况判断。用人单位在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。同时，用人单位应严格按照法律规定的程序进行操作，以避免不必要的法律风险。若您面临此类情况，有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的法律意见和帮助。