房屋买卖居间协议超过3年未过户，协议本身是否有效需分情况讨论，但过户义务的履行可能因时效问题受影响。以下从不同角度展开分析：

1. 协议本身的效力
   根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定及公序良俗。

   • 若协议符合上述条件：即使超过3年未过户，协议本身仍有效，双方仍需按约定履行义务（如支付房款、配合过户等）。
     
   • 若协议存在无效情形（如恶意串通损害他人利益、以合法形式掩盖非法目的等）：则协议自始无效，不受时间限制。

2. 过户义务的履行与诉讼时效
   过户属于合同履行义务，若一方未履行，另一方可要求其继续履行或承担违约责任。但需注意：

   • 诉讼时效问题：根据《民法典》第一百八十八条，向法院请求保护民事权利的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。
     
     • 若买方未支付房款：卖方需在知道或应当知道买方违约后3年内起诉要求付款或解除合同，否则可能丧失胜诉权。
       
     • 若卖方拒绝过户：买方需在知道或应当知道卖方违约后3年内起诉要求过户或赔偿，逾期可能面临同样风险。
       
   • 特殊情形：若双方在协议中约定了更长的履行期限（如“过户时间以某条件成就后3年内”），则诉讼时效从约定条件成就时起算。

3. 长期未过户的潜在风险

   • 政策风险：若房屋所在地出台限购、限售政策，可能导致买方失去购房资格，协议虽有效但无法履行。
     
   • 房屋被查封或抵押：若卖方在协议签订后将房屋抵押或因债务被查封，买方可能无法完成过户。
     
   • 卖方“一房二卖”：若卖方将房屋再次出售并过户给第三人，买方可能需通过诉讼确认合同效力并要求赔偿，但实际取得房屋的可能性降低。

建议：

• 若您是买方，尽快与卖方协商过户，并留存沟通记录（如短信、微信、录音等）；若协商无果，及时起诉要求过户或赔偿，避免超过诉讼时效。
  
• 若您是卖方，确认买方是否已支付房款；若买方违约，及时发函催告或起诉解除合同，避免房屋长期处于“待过户”状态引发纠纷。
  

如有具体协议条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。