核心结论：微信零钱因刑事案件被冻结后，若部分钱款已被使用，后续处理需根据资金性质、使用时间及与案件关联性综合判断，可能面临补足差额、承担法律责任或解除冻结等不同结果。以下是具体分析：

1. 若被冻结资金属于涉案款项，且已使用部分为涉案资金

• 法律后果：根据《刑事诉讼法》第145条，公安机关、检察院对查封、扣押的财物，经查明确实与案件无关的，应在3日内解除冻结；但若资金被认定为涉案赃款，即使部分已被使用，司法机关仍有权要求当事人补足差额（如通过其他财产折抵），甚至可能因“掩饰、隐瞒犯罪所得”等罪名追究刑事责任。
• 典型场景：例如，当事人明知资金来源非法（如诈骗、赌博所得），仍通过微信零钱转移或消费，此类行为可能构成共犯或单独犯罪，需承担刑事责任。

2. 若被冻结资金为合法财产，但因案件关联被误冻

• 处理方式：根据《公安机关办理刑事案件适用查封、冻结措施有关规定》第26条，当事人有权向冻结机关提出书面异议，并提供资金合法来源证明（如工资收入、合法交易记录等）。经审查属实的，冻结机关应在3日内解除冻结并退还剩余资金。
• 关键证据：需重点证明被冻结资金与案件无关，例如提供银行流水、合同、发票等材料，证明资金来源合法且未参与任何违法活动。

3. 若已使用部分为合法消费，但剩余资金仍被冻结

• 司法实践：司法机关通常仅对涉案金额进行冻结，若当事人能证明已使用部分为合法消费（如日常开支、医疗费用等），且剩余资金足够覆盖涉案金额，冻结机关可能仅对剩余部分继续冻结，已使用部分不会追责。
• 例外情形：若当事人存在恶意转移财产、逃避侦查等行为（如大额转账至他人账户），即使部分资金为合法消费，仍可能被认定为“妨碍诉讼”，面临司法处罚。

4. 后续程序建议

• 主动沟通：第一时间联系冻结机关（如公安局经侦支队、检察院），了解冻结原因及涉案金额，避免因信息不对称导致误解。
• 法律救济：若对冻结有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销冻结决定；若涉及刑事案件，可委托律师介入，通过辩护或协商争取减轻处罚。
• 资金补足：若确需补足差额，建议通过合法途径（如亲友借款、资产变现）完成，避免再次触犯法律。

总结：微信零钱被冻结后，已使用部分的处理需结合资金性质、使用合法性及案件关联性综合判断。建议当事人保留所有交易记录，及时与冻结机关沟通，必要时委托律师协助处理，以最大限度维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。