针对您提出的“投资款未做备注怎么处理”的问题，这确实是一个在实际操作中可能会遇到的情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，投资款在转账时未做备注，并不直接导致该款项不能被认定为投资款。关键在于后续的处理和证明。

1. 财务处理：

   • 财务部门在收到款项时，即使转账备注中未明确标注“投资款”，也应根据公司的财务制度和相关协议，结合股东的出资承诺、转账金额、转账时间等因素，综合判断该款项的性质。
   • 如果确认该款项为投资款，财务部门应按照投资款进行入账处理，并在公司的财务记录中明确标注。

2. 税务处理：

   • 投资款入账后，公司需要按照税法规定，对印花税等相关税费进行申报和缴纳。这一步骤与转账备注无关，而是基于款项的性质和金额。

3. 市场监督管理局公示：

   • 根据深圳市市场监督管理局的答复，商事登记只登记认缴注册资本，实缴出资不再作为审核事项，而是由企业自主公示。
   • 因此，即使转账时未备注“投资款”，公司仍可以在市场监督管理局的公示系统中，按照实际出资情况（包括未备注的投资款）进行填报和公示。但需要注意的是，公示的信息应真实、准确，能够反映公司的实际出资情况。

4. 法律风险与证据保留：

   • 从法律角度来看，如果股东主张已履行出资义务，但转账时未备注“投资款”且未予以公示，这可能会在一定程度上增加其证明出资义务的难度。
   • 因此，建议公司在处理此类情况时，保留好相关的转账记录、出资协议、财务记录等证据，以备不时之需。

5. 实际操作建议：

   • 为了避免未来可能出现的纠纷和误解，建议公司在未来接收投资款时，明确要求转账方在备注中标注“投资款”或类似字样。
   • 同时，公司也可以考虑在内部制定更为详细的出资管理制度，明确出资的流程、要求、证明文件等，以确保出资的合规性和透明度。

综上所述，投资款未做备注并不构成无法处理的障碍。关键在于公司如何后续处理、证明和公示该款项的性质和金额。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。